计算化学公社

标题: 为什么自由基反而远离富勒烯？ [打印本页]

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-8 17:31
标题: 为什么自由基反而远离富勒烯？
本帖最后由 zhangs 于 2024-4-8 20:57 编辑

请教下各位，我用GROMACS对富勒烯和自由基跑了动力学，理论上应该是自由基贴近富勒烯，但动力学结果却是自由基远离富勒烯，无论是有无PBC均不会靠近，不知为何？请各位大佬解惑

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2024-4-9 08:19
你是否需要的是这个？
http://sobereva.com/576

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-9 11:47

GoldenBaby 发表于 2024-4-9 08:19
你是否需要的是这个？
http://sobereva.com/576

感谢您的回答，对我有很大的帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 12:11
温度太高，热运动导致克服了吸引势作用，或者当前势函数不合理
如果你期望的是反应发生，GROMACS没法模拟，不支持反应力场

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-19 17:07

sobereva 发表于 2024-4-9 12:11
温度太高，热运动导致克服了吸引势作用，或者当前势函数不合理
如果你期望的是反应发生，GROMACS没法模拟 ...

老师，降低温度还是不太理想，请问这个势函数是通过力场呈现吗？

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-4-19 21:25

zhangs 发表于 2024-4-19 17:07
老师，降低温度还是不太理想，请问这个势函数是通过力场呈现吗？

如果只是一个富勒烯和一个自由基分子，用CP2K跑一下就行

作者
Author: zhangs 时间: 2024-4-19 22:35

七尺贱发表于 2024-4-19 21:25
如果只是一个富勒烯和一个自由基分子，用CP2K跑一下就行

老师，cp2k可以模拟出靠近的过程吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-20 07:52

zhangs 发表于 2024-4-19 17:07
老师，降低温度还是不太理想，请问这个势函数是通过力场呈现吗？

显然势函数体现在力场上

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-20 07:57

zhangs 发表于 2024-4-19 22:35
老师，cp2k可以模拟出靠近的过程吗？

可以
而且还可以直接给初速度让自由基打向富勒烯

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里面都有相关的现成例子

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: zhangs 时间: 2024-6-11 21:41

七尺贱发表于 2024-4-19 21:25
如果只是一个富勒烯和一个自由基分子，用CP2K跑一下就行

大佬你好，请问在cp2k上用什么方法和基组跑啊

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