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标题: 求助：DSSP计算氢键数量的疑惑 [打印本页]

作者
Author: 柳半身 时间: 2024-4-8 19:40
标题: 求助：DSSP计算氢键数量的疑惑
请问如何通过DSSP得到蛋白质的氢键总数量？
Dssp对于氢键的定义为：当键能＜-0.5kcal/mol定义为氢键，如图1
Dssp文件格式为：先给出各种氢键的total number，再给出每个残基对应的键能，如图2。其中N-H-->O的定义，如图3。

我的疑问：
统计方法1：统计了所有键能 < -0.5 kcal/mol的键的数量（图2-右下角红色的4列键能）
统计方法2：将各种氢键的total number相加（图2-左边蓝色列）
方法1、2答案不同，比如输入某pdb文件，方法1得到202个，方法2得到211个
不知道哪种统计方法更合理？
自己思考较久仍没有结果，求助路过的大佬解答，感激不尽。
如果有其他用于计算蛋白质氢键的方法，也可以推荐给我，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 12:16
VMD直接就可以用measure hbonds命令统计，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt：
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