计算化学公社

标题: 求助通过gromacs做分子动力学模拟获取dimer的构型 [打印本页]

作者
Author: Hyperion 时间: 2024-4-9 01:15
标题: 求助通过gromacs做分子动力学模拟获取dimer的构型
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上图是在平衡条件下两种不同的分子（A分子和B分子）构成的dimer 可能存在的构型，

在拜读sob老师的“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”的博文后，我对单分子构象搜索有了一定了解，并且按照博文进行了复现练习
请问这种方法，是否适用于有两种分子的体系去寻找二聚体的构型呢？
在另一篇博文“使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索”中，有提到 “还可以通过分子动力学做周期性退火来实现构象搜索，效果往往更好。比如每200 ps期间让温度从0 K上升至500 K然后再平缓降到0 K，如果跑2000 ps，就会产生10个对应0 K的结构，对这些结构再进行依次优化，即可得到一批极小点结构和能量。退火过程中每次当体系温度较高时，体系就有较大动能，从而能够较容易地穿越势垒而跑到其它势阱区域，然后温度降低时，体系就会陷入势阱的极小点附近”

我有个疑问是，双分子模拟体系做退火得到的二聚体构型数量
与对包含100个A分子和100个B分子的模拟体系做退火（退火时间足够长）所包含的AB分子二聚体构型数量（去重复）是否相等呢

还请老师们不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 12:31
适用。Molclus主页（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）上写了

xtb程序跑动力学结合molclus：普适性极强，用于构象搜索、原子/分子团簇构型搜索皆可，使用容易（不受力场约束，不需要准备拓扑文件）。但有动力学采样不充分导致遗漏构象的风险

“100个A分子和100个B分子” 这种体系不是用来得到搜索AB二聚体的初猜构型用的

作者
Author: Hyperion 时间: 2024-4-9 12:38

sobereva 发表于 2024-4-9 12:31
适用。Molclus主页（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）上写了
“100个A分子和100个B分子” ...

那第一个问题呢老师使用Molclus结合xtb是否适用于有两种分子的体系去寻找二聚体的构型

第二个问题是，请问老师如果想得到AB二聚体，可以用哪些模型呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 03:10

Hyperion 发表于 2024-4-9 12:38
那第一个问题呢老师使用Molclus结合xtb是否适用于有两种分子的体系去寻找二聚体的构型

第二个问题是 ...

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

一个A分子一个B分子就完了

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