计算化学公社

标题: 求助，用singularity部署在集群上的CP2K无法提交任务 [打印本页]
作者
Author: Weldingspock    时间: 2024-4-9 09:44
标题: 求助，用singularity部署在集群上的CP2K无法提交任务
参照帖子cp2k-2023.1的docker-singularity安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)拉取了docker镜像，显示在本地的工作站上测试可以使用，现在想移植到PBS集群上使用。
首先是保证集群里调用的gcc和mpi版本与docker镜像里面的一致，所以我用spack安装调取了gcc 11.4.0和mpich 4.0.3。最后我的PBS提交脚本如下：
  1. #!/bin/bash
  2. #PBS -N cp2k
  3. #PBS -S /bin/bash
  4. #PBS -j oe
  5. #PBS -q noor2
  6. #PBS -m e
  7. #PBS -l walltime=1:00:00,nodes=1:ppn=64

  9. export SPACK_ROOT=/home/s22117712r/software/spack
  10. source ${SPACK_ROOT}/share/spack/setup-env.sh

  12. spack load gcc@11.4.0 mpich@4.0.3

  14. ulimit -s unlimited
  15. export OMP_NUM_THREADS=4


  18. cd $PBS_O_WORKDIR

  20. SINGPATH=/home/s22117712r/software/apptainer-cp2k-2023.2/cp2k2023-apollo.sif
  21. singularity exec -B ${PWD}:/mnt -H /mnt ${SINGPATH} mpirun -np 64 cp2k.psmp cp2k.inp | tee ${2:-out.log}
  22. #apptainer exec -B /etc/resolv.conf:/etc/resolv.conf -B ${PWD}:/mnt -H /mnt ${SINGPATH} mpirun -np 64 cp2k.psmp cp2k.inp | tee ${2:-out.log}

复制代码
但是每次提交就报错：
  1. INFO:    Cleanup error: while unmounting /var/lib/apptainer/mnt/session/final directory: no such file or directory, while unmounting /var/lib/apptainer/mnt/session/rootfs directory: no such file or directory
  2. FATAL:   container creation failed: open /etc/resolv.conf: no such file or directory
复制代码

我尝试在sandbox里面创建了第一行里面提到的文件夹，但是依然报错。求各位大神指点一下怎么解决

作者
Author: abin    时间: 2024-4-9 10:01
https://gitee.com/hpc4you/apps

这里的百度分享中有，
去翻翻cp2k里面对应的说明。

或者去CSDN搜索hpc4you了解一下。

很简单的事情，你为何搞那么复杂？
作者
Author: Weldingspock    时间: 2024-4-9 10:16
abin 发表于 2024-4-9 10:01
https://gitee.com/hpc4you/apps

这里的百度分享中有，

你这里面cp2k也是付费的我能找老师要来钱就找你解决了啊
作者
Author: abin    时间: 2024-4-9 10:23
Weldingspock 发表于 2024-4-9 10:16
你这里面cp2k也是付费的我能找老师要来钱就找你解决了啊

我让你看文件夹里面的说明文件.
又没有让你下载我的版本呀.

免费的说明参考资料, 你自己翻着看呀.





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