计算化学公社

标题: 求助:cp2k计算二维WS2拉曼,得到的图像和实验中的拉曼谱不一致 [打印本页]

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kidddj    时间: 2024-4-9 11:30
标题: 求助:cp2k计算二维WS2拉曼,得到的图像和实验中的拉曼谱不一致
我在使用cp2k计算二维WS2(单层)的拉曼光谱时,得到的图像和实验中的拉曼谱不一致,请问有人知道是什么问题吗?我的计算结果如下:
[attach]87940[/attach]

这是文献中实验测得的拉曼(Nano Lett. 2016, 16, 2363−2368):
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

我使用的方法是先用cp2k进行频率计算(在此过程中计算拉曼),然后用Multiwfn软件进行后处理,后处理的过程参考了卢老师的教程:cp2k计算拉曼怎么用Multiwfn处理 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)。cp2k的输入文件内容如下(输出文件在附件):
#Generated by Multiwfn                                                                                                                                                   
&GLOBAL                                                                                                                                                                  
  PROJECT layer                                                                                                                                                           
  PRINT_LEVEL MEDIUM                                                                                                                                                      
  RUN_TYPE VIBRATIONAL_ANALYSIS                                                                                                                                          
&END GLOBAL                                                                                                                                                               
                                                                                                                                                                          
&FORCE_EVAL                                                                                                                                                               
  METHOD Quickstep                                                                                                                                                        
  &SUBSYS                                                                                                                                                                 
    &CELL                                                                                                                                                                 
      A     3.18591800     0.00000000     0.00000000                                                                                                                     
      B    -1.59295900     2.75908592     0.00000000                                                                                                                     
      C     0.00000000     0.00000000    23.13104400                                                                                                                     
      PERIODIC XY #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)                                                                                                         
    &END CELL                                                                                                                                                            
    &COORD                                                                                                                                                               
      W           3.18591800    0.00000000   11.56552200                                                                                                                  
      S          -0.00000159    1.83939153   13.13729957                                                                                                                  
      S          -0.00000159    1.83939153    9.99374443                                                                                                                  
    &END COORD                                                                                                                                                            
    &KIND W                                                                                                                                                               
      ELEMENT W                                                                                                                                                           
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q14                                                                                                                                    
      POTENTIAL GTH-PBE                                                                                                                                                   
    &END KIND                                                                                                                                                            
    &KIND S                                                                                                                                                               
      ELEMENT S                                                                                                                                                           
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6                                                                                                                                    
      POTENTIAL GTH-PBE                                                                                                                                                   
    &END KIND                                                                                                                                                            
  &END SUBSYS                                                                                                                                                            
                                                                                                                                                                          
  &DFT                                                                                                                                                                    
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT                                                                                                                                    
    POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL                                                                                                                                       
#   WFN_RESTART_FILE_NAME layer-RESTART.wfn                                                                                                                              
    CHARGE    0 #Net charge                                                                                                                                               
    MULTIPLICITY    1 #Spin multiplicity                                                                                                                                 
    &QS                                                                                                                                                                  
      EPS_DEFAULT 1.0E-14 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value                                                               
    &END QS                                                                                                                                                               
    &POISSON                                                                                                                                                              
      PERIODIC XY #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics                                                                                                     
      PSOLVER MT #The way to solve Poisson equation                                                                                                                       
    &END POISSON                                                                                                                                                         
    &XC                                                                                                                                                                  
      &XC_FUNCTIONAL PBE                                                                                                                                                  
      &END XC_FUNCTIONAL                                                                                                                                                  
    &END XC                                                                                                                                                               
    &MGRID                                                                                                                                                               
      CUTOFF  400                                                                                                                                                         
      REL_CUTOFF  55                                                                                                                                                      
    &END MGRID                                                                                                                                                            
    &SCF                                                                                                                                                                  
      MAX_SCF 128                                                                                                                                                         
      EPS_SCF 1.0E-07 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF                                                                                               
#     SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess                                                                                
#     IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE #Continue calculation even if SCF not converged, works for version >= 2024.1                                                            
      &DIAGONALIZATION                                                                                                                                                   
        ALGORITHM STANDARD #Algorithm for diagonalization                                                                                                                 
      &END DIAGONALIZATION                                                                                                                                                
      &MIXING #How to mix old and new density matrices                                                                                                                    
        METHOD BROYDEN_MIXING #PULAY_MIXING is also a good alternative                                                                                                   
        ALPHA 0.4 #Default. Mixing 40% of new density matrix with the old one                                                                                             
        NBROYDEN 8 #Default is 4. Number of previous steps stored for the actual mixing scheme                                                                           
      &END MIXING                                                                                                                                                         
      &PRINT                                                                                                                                                              
        &RESTART OFF #Do not generate wfn file to suppress meaningless I/O cost                                                                                          
        &END RESTART                                                                                                                                                      
      &END PRINT                                                                                                                                                         
    &END SCF                                                                                                                                                              
    &PRINT                                                                                                                                                               
      &MOMENTS                                                                                                                                                            
        PERIODIC T #Use Berry phase formula (T) or simple operator (F), the latter normally applies to isolated systems                                                   
      &END MOMENTS                                                                                                                                                        
    &END PRINT                                                                                                                                                            
  &END DFT                                                                                                                                                               
  &PROPERTIES                                                                                                                                                            
    &LINRES #Activate linear response calculation                                                                                                                        
      PRECONDITIONER FULL_ALL #Preconditioner for conjugate gradient minimization                                                                                         
      EPS 1E-6 #Target accuracy for the convergence of the conjugate gradient                                                                                             
      &POLAR                                                                                                                                                              
        DO_RAMAN T #Compute the electric-dipole--electric-dipole polarizability                                                                                          
        PERIODIC_DIPOLE_OPERATOR T #Type of dipole operator: Berry phase(T) or Local(F)                                                                                   
      &END POLAR                                                                                                                                                         
    &END LINRES                                                                                                                                                           
  &END PROPERTIES                                                                                                                                                         
&END FORCE_EVAL                                                                                                                                                           
                                                                                                                                                                          
&MOTION                                                                                                                                                                  
  &PRINT                                                                                                                                                                  
    &RESTART                                                                                                                                                              
      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never                                                                                          
    &END RESTART                                                                                                                                                         
  &END PRINT                                                                                                                                                              
&END MOTION                                                                                                                                                               
&VIBRATIONAL_ANALYSIS                                                                                                                                                     
  DX 0.01 #Step size of finite difference. This is default (Bohr)                                                                                                         
  NPROC_REP 1 #Number of processors to be used per replica. This is default                                                                                               
  TC_PRESSURE 101325 #1 atm. Pressure for calculate thermodynamic data (Pa)                                                                                               
  TC_TEMPERATURE 298.15 #Temperature for calculate thermodynamic data (K)                                                                                                
  THERMOCHEMISTRY #Print thermochemistry information (only valid for isolated systems)                                                                                    
  INTENSITIES T #Calculate IR/Raman intensities                                                                                                                           
  FULLY_PERIODIC T #Avoiding to project out rotation component from Hessian matrix                                                                                       
  &PRINT                                                                                                                                                                  
    &MOLDEN_VIB #Output .mol (Molden file) for visualizing vibrational modes                                                                                             
    &END MOLDEN_VIB                                                                                                                                                      
  &END PRINT                                                                                                                                                              
&END VIBRATIONAL_ANALYSIS   





作者
Author:
sobereva    时间: 2024-4-9 12:24
输入文件直接作为附件上传,要不然别人用Multiwfn看结构都不方便

晶胞太小,做振动分析毫无实际意义。扩成至少6*6再试
作者
Author:
kidddj    时间: 2024-4-11 10:32
sobereva 发表于 2024-4-9 12:24
输入文件直接作为附件上传,要不然别人用Multiwfn看结构都不方便

晶胞太小,做振动分析毫无实际意义。扩 ...

谢谢您!扩胞之后算的结果跟实验差不多了




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