计算化学公社

标题: 粗粒化模拟映射求助 [打印本页]

作者
Author: myoled 时间: 2016-11-15 14:46
标题: 粗粒化模拟映射求助
大家好，我最近在学习Martini力场的粗粒化模拟，利用的是Gromacs软件。首先按照Martini tutorials上面的步骤进行从全原子到粗粒化的映射时，输入命令“seq 0 2 | g_traj -f gromos.xtc -s gromos.gro -oxt mapped.xtc -n mapping.ndx -com -ng 3”, 却出现错误提示“-bash: g_traj: command not found"。请问该如何处理，谢谢！

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-11-15 14:50
你的环境变量里没有定义这个命令，去咨询你的管理员是怎么定义这个命令的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-15 14:55
哪个gromacs版本？

作者
Author: myoled 时间: 2016-11-15 15:11

sobereva 发表于 2016-11-15 14:55
哪个gromacs版本？

老师好，我用的是5.1.3的版本，用它运行全原子模拟的时候没有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-15 16:10

myoled 发表于 2016-11-15 15:11
老师好，我用的是5.1.3的版本，用它运行全原子模拟的时候没有问题。

5.x版本早就不是g_traj这样调用了，都是gmx [模块名]来调用

作者
Author: myoled 时间: 2016-11-15 17:50

sobereva 发表于 2016-11-15 16:10
5.x版本早就不是g_traj这样调用了，都是gmx [模块名]来调用

老师，非常感谢，我改成gmx traj后就可以了。

作者
Author: biancheng159 时间: 2016-11-16 13:08

我本是个娃娃发表于 2016-11-15 14:50
你的环境变量里没有定义这个命令，去咨询你的管理员是怎么定义这个命令的

娃娃这个头像来自waitbutwhy吗？

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2016-11-16 17:20

biancheng159 发表于 2016-11-16 13:08
娃娃这个头像来自waitbutwhy吗？

http://baike.baidu.com/subview/1 ... syn#viewPageContent

作者
Author: biancheng159 时间: 2016-11-17 11:27

我本是个娃娃发表于 2016-11-16 17:20
http://baike.baidu.com/subview/1100045/10023473.htm?fromtitle=poker+face&fromid=16286&type=syn#vie ...

张见识了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)