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标题: Gromacs top文件 '[ molecules ]' Invalid order for directive molecules [打印本页]

作者
Author: 杨达山 时间: 2024-4-9 18:04
标题: Gromacs top文件 '[ molecules ]' Invalid order for directive molecules
大家好，

想用Gromacs 模拟电解液，packmol 生成的大盒子体系。用gromacs能量最小化时，报错:
“Fatal error:
Syntax error - File model-45A.top, line 26
Last line read:
'[ molecules ]'
Invalid order for directive molecules”

是拓扑文件的问题吗。查了手册，没找到解决方案。由于刚开始使用，对Gromacs不熟悉，请大家帮忙看如何解决，谢谢。
以下为top 文件及报错截图。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-9 21:10
老生常谈的基础性问题。建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统性学一遍再跑

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作者
Author: slxc920113 时间: 2024-4-10 22:43
top文件中[ molecules ] 里面的分子名称必须要和前面 #include 的xxxx.itp文件里面的 [ moleculetype ]定义的名称保持一致，不是随意写的，大小写也需要保持一致。
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

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