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标题: 求助autodock分子对接时，受体转化为qpdbt文件时，与配体作用的金属离子电荷消失问题 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-10 09:56
标题: 求助autodock分子对接时，受体转化为qpdbt文件时，与配体作用的金属离子电荷消失问题
本帖最后由 lxhpdx 于 2024-4-11 10:54 编辑

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第一张是未转化的pdb文件，第二张是已经转化的qpdbt文件。
这两个MG2+应该是带有两个正电荷的，但是转变成qpdbt文件时，MG离子显示电荷为零怎么解决。
直接记事本编辑更改回来行吗？

作者
Author: greatzdk 时间: 2024-4-11 10:29
手动改了跑跑看看

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-4-12 02:57
如果使用AD4打分函数，手改一下电荷就行，会影响到溶剂化能和静电作用能
当然如果用Vina打分函数或者用Vinardo打分函数，有没有电荷都无所谓

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-12 10:23
本帖最后由 lxhpdx 于 2024-4-14 21:23 编辑

greatzdk 发表于 2024-4-11 10:29
手动改了跑跑看看

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但是这个要直接改成2嘛，还是要改成别的值呀

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-12 10:24

喵星大佬发表于 2024-4-12 02:57
如果使用AD4打分函数，手改一下电荷就行，会影响到溶剂化能和静电作用能
当然如果用Vina打分函数或者用Vin ...

意思就是我用vina对接，金属离子有没有电荷不影响结果是这个意思嘛？
但是我这两个受体上的镁离子会和配体有作用的呀

作者
Author: greatzdk 时间: 2024-4-15 12:25

lxhpdx 发表于 2024-4-12 10:24
意思就是我用vina对接，金属离子有没有电荷不影响结果是这个意思嘛？
但是我这两个受体上的镁离子会和配 ...

vina 好像是不影响的

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-15 21:32

greatzdk 发表于 2024-4-15 12:25
vina 好像是不影响的

好的谢谢大佬

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