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标题: 求助，如图这种自构建纤维素双链如何选择力场用GROMACS做动力学比较合适？ [打印本页]

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Author: dahai7719 时间: 2024-4-10 10:56
标题: 求助，如图这种自构建纤维素双链如何选择力场用GROMACS做动力学比较合适？
本帖最后由 dahai7719 于 2024-4-10 10:57 编辑

sob老师好：如图中这种纤维素双链的伯羟基被双四唑环酯化桥接后，部分羟基被硝化，部分羟基与羟胺形成强H键，如果用GROMACS做乙醇：丙酮=1：1溶剂环境下的动力学，比较疑惑选择什么力场比较合适？纤维素属于糖类，但本身有接有双四唑环结构，而且还有硝基和与羟胺形成的H键，可以直接仿照sobtop官网上例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件的做法进行么？谢谢老师解惑

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-11 01:00
虽然可以尝试用GAFF试一下，但效果未必理想，特别是中间双四唑那部分区域，GAFF自身没有很合适的参数

作者
Author: dahai7719 时间: 2024-4-11 07:43

sobereva 发表于 2024-4-11 01:00
虽然可以尝试用GAFF试一下，但效果未必理想，特别是中间双四唑那部分区域，GAFF自身没有很合适 ...

好的，谢谢sob老师解答！

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