计算化学公社

标题: GMX可以模拟蛋白结构由pH2变为pH6的过程中结构的变化吗？ [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-4-10 11:33
标题: GMX可以模拟蛋白结构由pH2变为pH6的过程中结构的变化吗？
想请问一下，GMX可以模拟蛋白结构由pH2变为pH6的过程中结构的变化吗？
我可以先设定恒定pH为2进行动力学模拟，再计算模拟后结构的pKa，再进行恒定pH为6的动力学模拟。请问这个思路可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 12:19
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “连续两次恒定pH” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 22:47
GROMACS修改版（https://gitlab.com/gromacs-constantph/）支持常pH模拟，在不同pH条件下分别跑动力学，考察得到的构象差异

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-4-11 08:40
pH2是典型的强酸环境，如果没有磷酸化残基，直接把所有残基设置成质子化的状态即可
Asp和Glu侧链COOH，His是Hisp，C端COOH就行，这些在charmm里很好处理，Amber力场没有C端质子化的参数不好弄
直接跑CMD就行

至于pH6的情况要看你的残基情况了，主要有问题的是His，如果没有His，或者His处于蛋白内部的氢键网络不会接触到水，一样直接按正常质子化的状态跑CMD即可
这两个pH对于一般蛋白做CpHMD的意义不大，CpHMD主要意义是在pH3-5左右处理羧基侧链和C端，pH6-7处理水侧的His，pH8左右处理半胱氨酸巯基侧链和pH11以上处理ARG胍基侧链LYS氨基侧链和N端(这个情况gmx的扩展版还做不了)，而且CpHMD要尽量限制可滴定位点的数量，根据结构常识判断不影响或者几乎不影响的残基设置好相应的质子化状态然后不纳入lambdaMD。其他时候做CpHMD纯属找事

对于核酸其实只有涉及比如iMotif之类的质子化导致非Watson-Crick配对的情况需要用到

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-4-11 17:19

sobereva 发表于 2024-4-10 12:19
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的sob老师我下次一定注意

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-4-11 19:15

喵星大佬发表于 2024-4-11 08:40
pH2是典型的强酸环境，如果没有磷酸化残基，直接把所有残基设置成质子化的状态即可
Asp和Glu侧链COOH，His ...

我在试验操作做的pH偏移对蛋白质的影响（就是先将pH调为2，再调回正常pH），然后我想通过动力学模拟一下这个过程中蛋白质的结构发生了什么样的变化。
然后我先跑了一个蛋白质在pH为2状态下的模拟，想利用editconf命令将最终生成的gro文件转化为pdb再进行一次pH为6的动力学模拟。为了模拟实际操作的步骤。
但是我再将转化出来的pdb文件用pdb2gmx命令导入时，会报下面这样的错误，所以我再想我这样的操作步骤是否是有误的？

“Fatal error:
Atom HE1 in residue GLN 5 was not found in rtp entry GLN with 17 atoms
while sorting atoms.

For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it
might have had a different number in the PDB file and was rebuilt
(it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2).
Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus.
Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it.
Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors”

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-4-11 19:54
-ignh

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-4-11 20:49

喵星大佬发表于 2024-4-11 19:54
-ignh

感谢指导，问题已经解决

作者
Author: wch53 时间: 2024-5-20 09:08
你好，我看到了你模拟PH=2和PH=6的变化，我这边也是想模拟一下不同PH（PH搞个梯度）蛋白跨膜的变化情况，想向你请教一下你的经验，如果可以我能加你qq（1940214419@qq.com)或者微信

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2025-12-15 15:23

喵星大佬发表于 2024-4-11 08:40
pH2是典型的强酸环境，如果没有磷酸化残基，直接把所有残基设置成质子化的状态即可
Asp和Glu侧链COOH，His ...

请问老师，如果对于没有预设好的可滴定残疾的情况下，需要如何自己添加呢？

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