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标题: Gromacs能否模拟DNA与壳聚糖等高分子物质结合 [打印本页]

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-10 14:49
标题: Gromacs能否模拟DNA与壳聚糖等高分子物质结合
请求各位大佬，gromacs能否模拟DNA和高分子（壳聚糖）等物质的结合呢？
或者DNA和含有金属的分子量较大的物质进行结合呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-10 22:45
如果是非共价方式结合，可以模拟

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-11 11:16

sobereva 发表于 2024-4-10 22:45
如果是非共价方式结合，可以模拟

谢谢sob老师，我看很多关于DNA的文献都是先用autodock模拟分子对接，再用gromacs进行计算的，我的配体中含有Si，autodock无法模拟，我能否直接用gromacs进行计算呢（不进行分子对接）？

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-11 17:36

sobereva 发表于 2024-4-10 22:45
如果是非共价方式结合，可以模拟

请问sob老师，如果高分子物质改性后还能生成拓扑文件吗，如果可以我在哪里可以得到拓扑文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-12 04:58

wanwan5339 发表于 2024-4-11 11:16
谢谢sob老师，我看很多关于DNA的文献都是先用autodock模拟分子对接，再用gromacs进行计算的，我的配体中 ...

显然此时前提是你能正确估计分子会以什么状态结合到什么地方，从而摆合适的初始结构。否则随便一摆就跑MD，可能长时间陷入亚稳的势阱区域，或者花很长时间也跑不到真正最稳定结合的位置

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-12 04:58

wanwan5339 发表于 2024-4-11 17:36
请问sob老师，如果高分子物质改性后还能生成拓扑文件吗，如果可以我在哪里可以得到拓扑文件？

可以用sobtop产生拓扑文件，普适性极强
http://sobereva.com/soft/Sobtop

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-4-12 10:17

sobereva 发表于 2024-4-12 04:58
可以用sobtop产生拓扑文件，普适性极强
http://sobereva.com/soft/Sobtop

好的，谢谢sob老师

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