计算化学公社

标题: 求助：在HCP平台的Slurm作业提交脚本的环境变量编辑 [打印本页]
作者
Author: lgj@hfut2024    时间: 2024-4-11 12:52
标题: 求助：在HCP平台的Slurm作业提交脚本的环境变量编辑
在学校的HCP平台上提交MS的作业，但是这个提交脚本的编辑有点困难，没有学过这个脚本编辑。想问下这个环境变量的设置是直接在根目录下吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
这是我的安装目录：export MATERIALS_STUDIO_ROOT=/groups/g900107/home/u2023010022/share/materials_studio-17.1
或者有那位大佬在Slurm作业调度系统上提交过作业，想借鉴学习一下脚本
作者
Author: Kamistry    时间: 2024-4-11 16:11
脚本中的export是临时性的、仅当次调用时有效。一般来说学校都会提供一个范例，稍微改一下就行。

另：一个提交slurm的例子，但不是M$。consearch：一键提交slurm的molclus构象搜索脚本 [url]http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=43932&fromuid=52367[/url]
作者
Author: lgj@hfut2024    时间: 2024-4-11 16:25
Kamistry 发表于 2024-4-11 16:11
脚本中的export是临时性的、仅当次调用时有效。一般来说学校都会提供一个范例，稍微改一下就行。

另：一 ...

好的，谢谢啊！我们学校没有MS的脚本，现在要自己编序，我没有编程的基础，所以对这个环境变量的设置非常难以理解。我会查看你发的贴子，感谢你的帮助
作者
Author: abin    时间: 2024-4-11 17:30
本帖最后由 abin 于 2024-4-11 17:58 编辑

这里有示例https://gitee.com/hpc4you/redstar

自己动手


或者查看 http://tophpc.top:1080/doc/hpc4you-toolkit-manual/v3.1/hpc4you-toolkit-manual-pub-v3.1-web.pdf

SLURM自我修养章节.


作者
Author: logzzz    时间: 2024-4-11 19:51
本帖最后由 logzzz 于 2024-4-11 19:53 编辑

你这个，emmm,你可用能需要设置很多哦。我看你是用脚本提任务，而不是getway。你需要调用很多，第一个需要调用MPI，第二个是指定变量。第三个指定输入文件。我提供我自己提交CASTEP的脚本，供你参考，我主要用pbs提任务。但调用命令大差不差，你看着改吧。
  1. #PBS -S /bin/bash
  2. #PBS -N MS2023-CT
  3. #PBS -l nodes=1:ppn=64
  4. #PBS -j oe
  5. #PBS -q batch
  6. #PBS -V


  9. JOBNAME1=Si


  12. cd $PBS_O_WORKDIR

  14. source /home/zhaicg/env/Ms-castep2023

  16. mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE $Castep $JOBNAME1
  17. rm -f *.pid

复制代码
  1. (base) [zhaicg@node1] ~]$ cat env/Ms-castep2023
  2. #!/bin/bash

  4. source /share/apps/oneapi/setvars.sh > /dev/null

  6. export MSI_LIC_PACK_DIR=/home/zhaicg/BIOVIA/BIOVIA_LicensePack
  7. export MS_INSTALL_ROOT=/home/zhaicg/BIOVIA/MaterialsStudio23.1
  8. export I_MPI_ROOT=$MS_INSTALL_ROOT
  9. export PATH=$MS_INSTALL_ROOT/bin:$PATH
  10. export LD_LIBRARY_PATH=$MS_INSTALL_ROOT/lib:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  11. export PSPOT_DIR=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep/Potentials
  12. export CASTEP_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
  13. export CASTEP_TMP=/home/zhaicg/tmp
  14. export Castep=$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe.exe
复制代码

祝你好运！
作者
Author: logzzz    时间: 2024-4-11 19:54
logzzz 发表于 2024-4-11 19:51
你这个，emmm,你可用能需要设置很多哦。我看你是用脚本提任务，而不是getway。你需要调用很多，第一个需要 ...

另外，MS版本不一样，调用命令不一样。注意，尤其是castep的路劲和MPI的位置。我之前用的2019调用命令和2023的就不一样。但我找不到19的那个脚本了。我印象中是改一下，就行。
作者
Author: lgj@hfut2024    时间: 2024-4-11 21:24
logzzz 发表于 2024-4-11 19:51
你这个，emmm,你可用能需要设置很多哦。我看你是用脚本提任务，而不是getway。你需要调用很多，第一个需要 ...

哇哇哇，真的很感谢！这个很有启发性了，我试着跟平台上的来更改。应该会有点发现的
作者
Author: lgj@hfut2024    时间: 2024-4-11 21:28
abin 发表于 2024-4-11 17:30
这里有示例https://gitee.com/hpc4you/redstar

自己动手

这个示例可以哎~，我先试着写一个吧。感觉自我修养章节写的有点多哦，得空在学习吧！感谢



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