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标题: 求助，gmx续跑RMSD出现问题 [打印本页]

作者
Author: zhouchen 时间: 2024-4-12 11:30
标题: 求助，gmx续跑RMSD出现问题
大家好，我们使用gromacs对DNA进行MD模拟，先是进行了50ns的模拟，RMSD见图1，我认为还没有平衡想着再续跑 30ns看看效果，续跑的代码见图2，
但是我发现，续跑的RMSD出现的异常，图3。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-13 07:45
仔细看此文里关于RMSD的部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: Liota 时间: 2024-5-14 14:18
可能因为后买你跑的时候分子跑出去盒子了，建议结合轨迹文件看看

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