计算化学公社

标题: 求解gmx energy计算的能量跟结合自由能的区别 [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2024-4-12 16:13
标题: 求解gmx energy计算的能量跟结合自由能的区别
本帖最后由 azero 于 2024-4-12 16:15 编辑

准备做一个模拟：将不同质子状态化（不同PH）的某一蛋白放置于小分子水溶液（体系好多小分子模拟开始时均匀分布于盒子中），
想看看哪个质子化状态的蛋白质更容易将小分子吸附到蛋白质表面

然后想起gmx有gmx energy。
①我能不能用gmx energy计算的相互作用能作为评定指标
②单小分子和蛋白质的复合物一般都是用MPBSA诸如此类的方法计算结合能，结合能跟gmx energy计算的相互作用能有什么区别？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-13 06:18
直接跑动力学，对轨迹进行分析就完了，诸如用VMD的选择语句统计蛋白质附近一定距离内的特定小分子数。根本不需要计算相互作用能来说明。

那叫MMPBSA，而且MMPBSA的目的是算结合自由能
说清楚你所谓的结合能怎么定义的，如果本来就是指隐式溶剂环境下的结合自由能，自然和MMPBSA得到的没区别

作者
Author: azero 时间: 2024-4-13 13:55
本帖最后由 azero 于 2024-4-13 13:56 编辑

sobereva 发表于 2024-4-13 06:18
直接跑动力学，对轨迹进行分析就完了，诸如用VMD的选择语句统计蛋白质附近一定距离内的特定小分子数。根本 ...

谢谢社长~
①原来我一直搞乱了结合自由能和结合能
查了查结合自由能=结合能-TΔS
Justin的gromacs教程里面用gmx energy计算了酶与活性中心配体的 短程库仑相互作用能 和 短程 Lennard-Jones相互作用能，然后把这两个相互作用能相加（如图）。相加得到的值是不是等于上式的结合能？
②MMPBSA这种是不是计算了-TΔS这部分？但是我翻了翻MMPBSA的计算原理，好像又不是这回事，没看懂
③“诸如用VMD的选择语句统计蛋白质附近一定距离内的特定小分子数”，这里的一定距离，一般取多少比较好？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-14 03:26

azero 发表于 2024-4-13 13:55
谢谢社长~
①原来我一直搞乱了结合自由能和结合能
查了查结合自由能=结合能-TΔS

没有确切语境的话，“结合自由能=结合能-TΔS”根本不成立
你先看看MMPBSA的基本资料，搞清楚影响结果的都有哪些因素
直接用gmx energy得到的两个组之间的相互作用能仅仅是MM部分，PBSA体现的溶剂效应对结合自由能有至关重要的影响，不考虑根本不行，绝对不是就相差个TΔS的事。即便在气相下，那个式子也不严格，倘若结合能是用电子能量求差算的，二者之间除了TΔS还相差着焓的热校正量的改变量。

没确切标准，根据小分子的结构特征、实际和蛋白质结合的情况判断。拿不准就反复试，看什么样的距离最能说明问题

作者
Author: azero 时间: 2024-4-14 16:05

sobereva 发表于 2024-4-14 03:26
没有确切语境的话，“结合自由能=结合能-TΔS”根本不成立
你先看看MMPBSA的基本资料，搞清楚影响结果的 ...

哦哦，好的，我看懂了~谢谢社长

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