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标题: 使用parmchk2生成小分子frcmod文件部分参数需要手动添加，如何处理呢 [打印本页]

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Author: fuchg 时间: 2024-4-13 15:19
标题: 使用parmchk2生成小分子frcmod文件部分参数需要手动添加，如何处理呢
各位老师好，我使用g16优化我的配体，随后使用Multiwfn计算RESP拟合静电势电荷，将chg文件中电荷的部分加入到mol2文件中，但是当我使用parmchk2 -i ligand.mol2 -f mol2 -o lig.frcmod这个命令生成参数文件后发现有部分区域出现“ATTN, need revision”，我查了一下说这部分参数是需要手动添加的，这种情况该如何处理呢？
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Author: sobereva 时间: 2024-4-14 03:02
要求不高的话，对于平衡键长、平衡键角，直接用DFT对含有这种项的体系做几何优化得到的相应值，力常数用个差不多的就完了。讲究一些可以用sobtop基于Gaussian等程序振动分析后产生的Hessian矩阵通过Modified Seminario等方法较严格地计算，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里的说明

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Author: fuchg 时间: 2024-4-15 09:51

sobereva 发表于 2024-4-14 03:02
要求不高的话，对于平衡键长、平衡键角，直接用DFT对含有这种项的体系做几何优化得到的相应值，力常数用个 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: fuchg 时间: 2024-4-15 14:15

sobereva 发表于 2024-4-14 03:02
要求不高的话，对于平衡键长、平衡键角，直接用DFT对含有这种项的体系做几何优化得到的相应值，力常数用个 ...

还有个问题请教sob老师，我使用sobtop计算得到了相应值，但是我看txt文件最后说如果把参数写进bonded_param.dat文件的话，力常数需要除2，那么我是否在将bond的力常数写入我的参数文件时也除2呢？
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C:\Users\P2314521\Desktop\bond.png
C:\Users\P2314521\Desktop\other.png

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 00:57

fuchg 发表于 2024-4-15 14:15
还有个问题请教sob老师，我使用sobtop计算得到了相应值，但是我看txt文件最后说如果把参数写进bonded_par ...

是，这样才满足amber力场的bond项的习俗

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Author: fuchg 时间: 2024-4-16 09:12

sobereva 发表于 2024-4-16 00:57
是，这样才满足amber力场的bond项的习俗

好的，谢谢sob老师

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