计算化学公社

标题: 想问一下纤维素模拟用lammps的话，力场文件怎么设置？ [打印本页]

作者
Author: 1758924310 时间: 2024-4-13 15:21
标题: 想问一下纤维素模拟用lammps的话，力场文件怎么设置？
通过cellulose-builder建立了纤维素的pdb文件，后续准备用lammps进行模拟，想问一下力场文件怎么设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-14 03:05
若无特殊必要用lammps，用速度更快、对生物大分子体系更友好的GROMACS或AMBER是明显更好的选择。AMBER的leap可以直接产生基于glycam糖力场的拓扑文件，之后还可以用acpype/ParmED转成gromacs的格式用gromacs跑。

作者
Author: 1758924310 时间: 2024-4-18 09:51

sobereva 发表于 2024-4-14 03:05
若无特殊必要用lammps，用速度更快、对生物大分子体系更友好的GROMACS或AMBER是明显更好的选择。AMBER的lea ...

感谢老师回复，主要研究方向不是专业的纤维素模拟，是探究纤维素对甲烷水合物生成的作用，纤维素做多孔介质，之前用lammps跑过水合物，所以想用lammps进行模拟，请问老师有没有适合的力场推荐

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-19 05:13

1758924310 发表于 2024-4-18 09:51
感谢老师回复，主要研究方向不是专业的纤维素模拟，是探究纤维素对甲烷水合物生成的作用，纤维素做多孔介 ...

gromacs跑甲烷水合物没有任何问题

glycam

作者
Author: 1758924310 时间: 2024-4-20 11:24

sobereva 发表于 2024-4-19 05:13
gromacs跑甲烷水合物没有任何问题

glycam

好的，谢谢老师

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