计算化学公社

标题: 求助有关gmx dipoles命令产生的各种文件具体含义和细节 [打印本页]

作者
Author: duzy 时间: 2024-4-13 16:34
标题: 求助有关gmx dipoles命令产生的各种文件具体含义和细节
各位前辈，第一次用gromacs dipoles命令分析偶极矩，产生了很多文件，不太理解各个文件以及文件里各列的具体含义，请各位前辈指教。 (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-14 02:39
每一列是什么含义在图例里都体现了，用grace基于xvg文件作图，看图例便知
M代表盒子里偶极矩矢量

作者
Author: duzy 时间: 2024-4-14 11:39

sobereva 发表于 2024-4-14 02:39
每一列是什么含义在图例里都体现了，用grace基于xvg文件作图，看图例便知
M代表盒子里偶极矩矢量

老师，有关偶极矩有两个问题想请教一下您。
①我想算一段轨迹里分子偶极矩与法向的夹角cos值随时间的变化，请问怎么实现呢？gmx h2order是基于时间的平均，我想把每一帧都提取出来，不想取平均，请问能实现吗
② h2order命令里-sl是在Z方向划分层数，我想在X方向划分层数，但还是计算与Z轴夹角，请问该怎么实现呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-15 06:11

duzy 发表于 2024-4-14 11:39
老师，有关偶极矩有两个问题想请教一下您。
①我想算一段轨迹里分子偶极矩与法向的夹角cos值随时间的变 ...

1 自己写shell脚本，循环调用h2order，每次用-b和-e指定处理的不同的轨迹时间范围

2 -d选项

作者
Author: duzy 时间: 2024-4-15 12:49

sobereva 发表于 2024-4-15 06:11
1 自己写shell脚本，循环调用h2order，每次用-b和-e指定处理的不同的轨迹时间范围

2 -d选项

老师，为什么我h2order调用-d选项时-d X、-d Y、-d Z输出文件一模一样没有任何区别呢？（考察X方向加静电场时，水分子偶极矩夹角），命令是gmx h2order -f md.trr -s md.tpr -n md.ndx -sl 30 -d X/d Y/d Z

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 01:01

duzy 发表于 2024-4-15 12:49
老师，为什么我h2order调用-d选项时-d X、-d Y、-d Z输出文件一模一样没有任何区别呢？（考察X方向加静电 ...

老版本的bug，2020.5版开始解决了这个问题

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-28 20:04
请问你输入的代码是什么

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