计算化学公社

标题: GMX计算RDF时怎么用脚本传递参数呢？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-14 16:04
标题: GMX计算RDF时怎么用脚本传递参数呢？
GMX计算RDF选组时需要提交ctrl D才能开始计算。
怎么这个如何用脚本传递选组呀？
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: Dempey 时间: 2024-4-14 22:02
可以使用"-ref"和"-sel"参数，如文档所说
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-15 04:38
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-15 11:48

sobereva 发表于 2024-4-15 04:38
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

...

谢谢社长！

作者
Author: yiranfengbai 时间: 2024-4-15 14:09
请教一下，我跑了12000步，VMD导入gro之后发现frames0-11998，只有11999步，请问这是怎么回事呢

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-15 15:10

Dempey 发表于 2024-4-14 22:02
可以使用"-ref"和"-sel"参数，如文档所说

感谢感谢！

作者
Author: snljty2 时间: 2024-4-15 15:15
你Linux等终端下按的Ctrl+d，或者Windows的cmd下按Ctrl+z再回车，都是给终端传递一个EOF信号，表示输入已经完成。如果是从文件重定向输入，和读到文件尾，后面什么都没有了等价。如果是用管道传递，就是后面什么都没了，让接管道的程序读不到输入，认为输入已经结束即可。如果是Linux shell的多行重定向输入，比如

cat << ABCD
123
456
ABCD

复制代码

，这样读到456之后ABCD和前面ABCD标志对上了，表示输入已结束，同样和你输入123回车，456回车然后按Ctrl+d等价。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 01:00

yiranfengbai 发表于 2024-4-15 14:09
请教一下，我跑了12000步，VMD导入gro之后发现frames0-11998，只有11999步，请问这是怎么回事呢

gro本来就只有一帧

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-4-16 10:05

snljty2 发表于 2024-4-15 15:15
你Linux等终端下按的Ctrl+d，或者Windows的cmd下按Ctrl+z再回车，都是给终端传递一个EOF信号，表示输入已经 ...

非常感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)