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标题: 模拟蛋白质与生物膜磷脂结合，磷脂层出现异常横线 [打印本页]
作者
Author: dcfwan    时间: 2024-4-15 09:09
标题: 模拟蛋白质与生物膜磷脂结合，磷脂层出现异常横线
各位老师同学好，想问大家一下，我在进行模拟蛋白质与生物膜磷脂结合的时候，体系磷脂层出现异常的横线。这种问题是什么导致的呢？ 有什么解决的办法吗

作者
Author: dcfwan    时间: 2024-4-15 09:10
本帖最后由 dcfwan 于 2024-4-15 09:11 编辑

作者
Author: dcfwan    时间: 2024-4-15 09:16
本帖最后由 dcfwan 于 2024-4-15 09:19 编辑

minimization

  1. define                  = -DPOSRES -DPOSRES_FC_BB=4000.0 -DPOSRES_FC_SC=2000.0 -DPOSRES_FC_LIPID=1000.0 -DDIHRES -DDIHRES_FC=1000.0
  2. integrator              = steep
  3. emtol                   = 1000.0
  4. nsteps                  = 5000
  5. nstlist                 = 10
  6. cutoff-scheme           = Verlet
  7. rlist                   = 1.2
  8. vdwtype                 = Cut-off
  9. vdw-modifier            = Force-switch
  10. rvdw_switch             = 1.0
  11. rvdw                    = 1.2
  12. coulombtype             = PME
  13. rcoulomb                = 1.2
  14. ;
  15. constraints             = h-bonds
  16. constraint_algorithm    = LINCS
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Equilibration

  1. define                  = -DPOSRES -DPOSRES_FC_BB=1000.0 -DPOSRES_FC_SC=500.0 -DPOSRES_FC_LIPID=400.0 -DDIHRES -DDIHRES_FC=200.0
  2. integrator              = md
  3. dt                      = 0.002
  4. nsteps                  = 2500000
  5. nstxtcout               = 500000
  6. nstvout                 = 500000
  7. nstfout                 = 500000
  8. nstcalcenergy           = 100
  9. nstenergy               = 100000
  10. nstlog                  = 100000
  11. ;
  12. cutoff-scheme           = Verlet
  13. nstlist                 = 20
  14. rlist                   = 1.2
  15. vdwtype                 = Cut-off
  16. vdw-modifier            = Force-switch
  17. rvdw_switch             = 1.0
  18. rvdw                    = 1.2
  19. coulombtype             = PME
  20. rcoulomb                = 1.2
  21. ;
  22. tcoupl                  = V-rescale
  23. tc_grps                 = SOLU MEMB SOLV
  24. tau_t                   = 1.0 1.0 1.0
  25. ref_t                   = 310.15 310.15 310.15
  26. ;
  27. pcoupl                  = C-rescale
  28. pcoupltype              = semiisotropic
  29. tau_p                   = 5.0
  30. compressibility         = 4.5e-5  4.5e-5
  31. ref_p                   = 1.0     1.0
  32. refcoord_scaling        = com
  33. ;
  34. constraints             = h-bonds
  35. constraint_algorithm    = LINCS
  36. continuation            = yes
  37. ;
  38. nstcomm                 = 100
  39. comm_mode               = linear
  40. comm_grps               = SOLU_MEMB SOLV
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MD
  1. integrator              = md
  2. dt                      = 0.002
  3. nsteps                  = 500000000
  4. nstxout-compressed      = 500000
  5. nstxout                 = 50000000
  6. nstvout                 = 50000000
  7. nstfout                 = 50000000
  8. nstcalcenergy           = 100
  9. nstenergy               = 100000
  10. nstlog                  = 100000
  11. ;
  12. cutoff-scheme           = Verlet
  13. nstlist                 = 20
  14. rlist                   = 1.2
  15. vdwtype                 = Cut-off
  16. vdw-modifier            = Force-switch
  17. rvdw_switch             = 1.0
  18. rvdw                    = 1.2
  19. coulombtype             = PME
  20. rcoulomb                = 1.2
  21. ;
  22. tcoupl                  = V-rescale
  23. tc_grps                 = SOLU MEMB SOLV
  24. tau_t                   = 1.0 1.0 1.0
  25. ref_t                   = 310.15 310.15 310.15
  26. ;
  27. pcoupl                  = Parrinello-Rahman
  28. pcoupltype              = semiisotropic
  29. tau_p                   = 5.0
  30. compressibility         = 4.5e-5  4.5e-5
  31. ref_p                   = 1.0     1.0
  32. ;
  33. constraints             = h-bonds
  34. constraint_algorithm    = LINCS
  35. continuation            = no ;;yes
  36. ;
  37. nstcomm                 = 100
  38. comm_mode               = linear
  39. comm_grps               = SOLU_MEMB SOLV
  40. ;
  41. refcoord_scaling        = com
  42. gen-vel                 = yes
  43. gen-temp                = 310.15
复制代码


作者
Author: 喵星大佬    时间: 2024-4-15 16:00
你不修复跨周期性边界条件的分子嘛？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-4-16 03:40
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。别连续盖楼，下次再发现禁言处理

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 9)
作者
Author: dcfwan    时间: 2024-4-16 10:42
喵星大佬 发表于 2024-4-15 16:00
你不修复跨周期性边界条件的分子嘛？

谢谢回复。我是新手，不是很了解这一步，能问下具体的操作步骤吗
作者
Author: dcfwan    时间: 2024-4-16 10:43
sobereva 发表于 2024-4-16 03:40
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

谢谢sob老师，我去试试看。 下次会注意的



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