计算化学公社

标题: 求助考虑溶剂和BSSE的结合能计算方式问题 [打印本页]

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Author: xiewei 时间: 2024-4-15 15:17
标题: 求助考虑溶剂和BSSE的结合能计算方式问题
老师您好，我想计算两个分子之间的结合能来筛选合适的功能单体(通过结合能越低越稳定来筛选)，这两个分子之间通过氢键弱相互作用力连接，结合能我用E(AB)-E(A)-E(B)+E(BSSE)计算，我先分别对这两个分子在溶剂模型下进行结构优化，然后用molclus对两个分子组合进行构型搜索后再在溶剂模型下结构优化，然后在溶剂模型下分别计算E(A)和E(B)，这里就只读取单点能，不计算溶质自由能；然后E(AB)+E(BSSE)用counterpoise得到，这一步也加了溶剂模型。本来想按"谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)"这篇文章计算，但觉得计算溶质自由能有点麻烦，请问我用上述方法是否可行。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 00:40
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ 结合能计算” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 00:42
要追求严格，必须通过结合自由能来讨论，而且涉及到的AB、A、B的自由能都是考虑溶剂模型得到的。即便麻烦也得这么做，要不然到时候审稿人comment让你重算更麻烦

至于BSSE的考虑，不说基组提这个没有任何意义。用gCP，或者4-zeta基组，都不需要单独通过counterpoise算BSSE校正能

作者
Author: xiewei 时间: 2024-4-16 09:37

sobereva 发表于 2024-4-16 00:40
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的我以后注意

作者
Author: xiewei 时间: 2024-4-16 09:42

sobereva 发表于 2024-4-16 00:42
要追求严格，必须通过结合自由能来讨论，而且涉及到的AB、A、B的自由能都是考虑溶剂模型得到的。即便麻烦也 ...

老师我是看了这个帖子您的回答认为算结合能大部分是通过算电子能量得到的，所以还是要用自由能算更好是吧

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-17 04:03

xiewei 发表于 2024-4-16 09:42
老师我是看了这个帖子您的回答认为算结合能大部分是通过算电子能量得到的，所以还是要用自由能算更好是吧 ...

是的
我如果审稿看到有文章用基于电子能量算结合能来讨论绝对的结合稳定性这种问题，大概率我会comment，要求作者用结合自由能说事。由于结合过程的熵罚效应，很多情况下，电子能量算的结合能为负的时候结合自由能为正。例如下文就是典型例子，基于结合自由能讨论，且考察了能够结合的临界温度
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674（http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html）

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