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标题: 如何使用VMD计算xyz轨迹的各帧中某个原子到一个平面的垂直距离？ [打印本页]

作者
Author: dhdhdh 时间: 2024-4-15 19:52
标题: 如何使用VMD计算xyz轨迹的各帧中某个原子到一个平面的垂直距离？
请教各位，如何使用VMD计算xyz轨迹的各帧中某个原子到一个平面（由几个原子构成）的垂直距离呢？谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 03:23
不知道你问的什么层面的问题，是VMD脚本编写语法，还是算法
算法层面，参考Multiwfn源代码里相关部分
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

如果是语法，不可能几句话讲明白。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）专门全面深入讲解了VMD脚本的编写，搞懂了语法和课上提供的几十个我写的脚本例子后很容易举一反三写出来。

作者
Author: lyj714 时间: 2024-4-16 11:08
先拟合平面方程，再点到平面的距离直接公式就行了。vmd做这个主要是拟合平面方程复杂一些。

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