计算化学公社

标题: 求教组分相互作用能分析 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-4-15 20:14
标题: 求教组分相互作用能分析
体系中有ABC分子，想要计算AB分子，AC分子以及AA分子的相互作用能（组分内、组分间），步骤如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

最后一步提示错误：The .mdp file specified an energy mininization or normal mode algorithm, and
these are not compatible with mdrun -rerun
我rerun设置的mdp文件如下：
pbc          = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 3.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 3.0
DispCorr    = EnerPres
;

另外，我的盒子大小12*8*8
问题：使用该方法能否达到我的目的？如何解决上述错误？但是我的mdp文件中没有设置能量组，能量组是在rerun.mdp文件设置吗？应该如何设置，使用energygrps = A B C吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 03:25
mdp给完整、运行命令给出来

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-4-16 08:47

sobereva 发表于 2024-4-16 03:25
mdp给完整、运行命令给出来

完整mdp文件：
energygrps    = A B
pbc             = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 3.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 3.0
DispCorr    = EnerPre
运行步骤：
gmx trjconv -f traj_comp.xtc -s npt.tpr -n oil.ndx -o AB.xtc
gmx trjconv -f N3030.gro -s npt.tpr -n oil.ndx -o AB.gro
gmx grompp -f rerun.mdp -c AB.gro -p AB.top -o AB.tpr
N3030]$ gmx mdrun -s AB.tpr -rerun AB.xtc -e AB.edr
现在没有报错，使用命令分析能量：gmx energy -f AB.edr -o AB.xvg
显示如下：
1  G96Bond       2  G96Angle       3  Proper-Dih.    4  Improper-Dih.
  5  LJ-14          6  Coulomb-14    7  LJ-(SR)       8  Disper.-corr.
  9  Coulomb-(SR)                      10  Potential
11  Coul-SR:C7H8-C7H8                12  LJ-SR:C7H8-C7H8
13  Coul-14:C7H8-C7H8                14  LJ-14:C7H8-C7H8
15  Coul-SR:C7H8-C5Pe                16  LJ-SR:C7H8-C5Pe
17  Coul-14:C7H8-C5Pe                18  LJ-14:C7H8-C5Pe
19  Coul-SR:C5Pe-C5Pe                20  LJ-SR:C5Pe-C5Pe
21  Coul-14:C5Pe-C5Pe                22  LJ-14:C5Pe-C5Pe
请问老师，上述步骤是否存在问题？16统计AB范德华相互作用，15统计库伦，A组分分子间范德华20，库伦19，这样理解对吗？
另外，统计单位是kj/mol是指每mol体系两者的作用能是这么多对吗，也就是说它表示体系内所有两类分子的作用能之和，和分子数目相关对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-17 03:57

zhangfaxue 发表于 2024-4-16 08:47
完整mdp文件：
energygrps = A B
pbc = xyz

对

是。盒子里分子数越多，这里每mol实际上包含的分子就越多

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-4-17 10:08

sobereva 发表于 2024-4-17 03:57
对

是。盒子里分子数越多，这里每mol实际上包含的分子就越多

谢谢sob老师！

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-4-23 20:04

sobereva 发表于 2024-4-17 03:57
对

是。盒子里分子数越多，这里每mol实际上包含的分子就越多

老师，我追问一下那每mol体系，比如说我体系有A10个B20个，计算的AB相互作用能是是nkJ/mol，n/NA就是单个分子对应的相互作用能吗？那这个单个分子如何理解，是单个A还是单个B，还是都一样？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-24 06:29

zhangfaxue 发表于 2024-4-23 20:04
老师，我追问一下那每mol体系，比如说我体系有A10个B20个，计算的AB相互作用能是是nkJ/mol，n/NA就是单个 ...

nKJ/mol除以10就是每mol A分子与体系中所有B分子的相互作用能之和，nKJ/mol除以20就是每mol B分子与体系中所有A分子的相互作用能之和

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-5-6 21:21

sobereva 发表于 2024-4-24 06:29
nKJ/mol除以10就是每mol A分子与体系中所有B分子的相互作用能之和，nKJ/mol除以20就是每mol B分子与体系 ...

社长好！我想追问一下，
想对比两个体系内的A分子 + B分子，以及A分子 + C分子，这两个体系是否需要归一化呢？
也就是说我想知道 1mol A和 1mol B的相互作用能与 1mol A和 1mol C的差异，这个是否需要做些特殊处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 19:41

社会主义小战士发表于 2024-5-6 21:21
社长好！我想追问一下，
想对比两个体系内的A分子 + B分子，以及A分子 + C分子，这两个体系是否需要归一 ...

我不知道你说的归一化是什么
按前面说的方式计算 1mol A和 1mol B的相互作用能，可以跟 1mol A和 1mol C的对比

作者
Author: 果果123 时间: 2024-5-9 11:11

zhangfaxue 发表于 2024-4-16 08:47
完整mdp文件：
energygrps = A B
pbc = xyz

你好我想请问一下计算相互作用能的mdp文件中 rcoulomb 和 rvdw 值的设定需要与正常动力学模拟中的mdp文件中的 rcoulomb 和 rvdw 值保持一致吗

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-9 15:42

果果123 发表于 2024-5-9 11:11
你好我想请问一下计算相互作用能的mdp文件中 rcoulomb 和 rvdw 值的设定需要与正常动力学模拟中的mdp ...

在保证小于盒子最小尺寸一半的情况下尽量大，参照此帖子求助：rerun轨迹后分析相互作用，该怎样设定参数
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=55969
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-9 15:53

sobereva 发表于 2024-5-8 19:41
我不知道你说的归一化是什么
按前面说的方式计算 1mol A和 1mol B的相互作用能，可以跟 1mol A和 1mol C ...

老师我想继续追问，对于这种想对比每mol分子之间相互作用的情况：
1、如果分子数A100个B200个C300个，计算AB相互作用能/100，计算AC相互作用能/100，分别对应的就是1molA与200个B的相互作用能，1molA与300个C对应的相互作用能对吗？
2、上述如果正确，那就意味着如果体系中每种分子数不同，就无法实现楼上所说的1molA和1molB,1molA和1molC相互作用能的大小对比了嘛？如果可以实现请问如何处理？

作者
Author: 果果123 时间: 2024-5-9 20:35

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 15:42
在保证小于盒子最小尺寸一半的情况下尽量大，参照此帖子求助：rerun轨迹后分析相互作用，该怎样设定参数
...

好的好的非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 08:04

zhangfaxue 发表于 2024-5-9 15:53
老师我想继续追问，对于这种想对比每mol分子之间相互作用的情况：
1、如果分子数A100个B200个C300个，计 ...

1 对

2 再分别除以B、C的分子数

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-5-10 10:36

sobereva 发表于 2024-5-10 08:04
1 对

2 再分别除以B、C的分子数

谢谢老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)