计算化学公社

标题: 求助：如何修改.pdb文件中原子名使其和.rtp中一致 [打印本页]

作者
Author: 日月明 时间: 2024-4-16 10:54
标题: 求助：如何修改.pdb文件中原子名使其和.rtp中一致
报错：
Fatal error:Atom OCT1 in residue PRO 440 was not found in rtp entry PRO with 16 atoms
while sorting atoms.
请问可以直接把PDB文件中的1OCT和2OCT改成.rtp文件中的命名即O吗？
请各位大佬赐教，救救孩子
以下是对应部分的PDB和.rtp文件截图

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-16 13:27
删掉一个端基氧然后把OCT改成和rtp里一样的名称。
有SPDBV的话把.pdb导入SPDBV再另存为一下也可以

作者
Author: 日月明 时间: 2024-4-16 21:22

Seyilaxa 发表于 2024-4-16 13:27
删掉一个端基氧然后把OCT改成和rtp里一样的名称。
有SPDBV的话把.pdb导入SPDBV再另存为一下也可以

感谢大佬老师指导！！请问是删掉2OCT这个氧吗？可以再请教一下为什么要删掉吗？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-16 22:48
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-4-16 22:49 编辑

日月明发表于 2024-4-16 21:22
感谢大佬老师指导！！请问是删掉2OCT这个氧吗？可以再请教一下为什么要删掉吗？

有些力场可以自动识别C末端的羧基氧原子，但有的时候可能识别不出来。没有具体信息很难判断具体是什么原因
为了省事的话直接把残基改成和.rtp文件里一样的格式，就肯定不会出错

作者
Author: 日月明 时间: 2024-4-17 09:13

Seyilaxa 发表于 2024-4-16 22:48
有些力场可以自动识别C末端的羧基氧原子，但有的时候可能识别不出来。没有具体信息很难判断具体是什么原 ...

好的，了解，谢谢大佬老师指导！想再进一步请教下，这样对后面的步骤会有影响吗？比如如果我要设置质子化态，这个是不是会影响电荷什么的？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-17 16:21

日月明发表于 2024-4-17 09:13
好的，了解，谢谢大佬老师指导！想再进一步请教下，这样对后面的步骤会有影响吗？比如如果我要设置质子化 ...

不会。使用-ignh后氢原子全部由gromacs添加，和原始结构上的氢无关。gromacs也会根据需求补全末端（默认就是-COO-）

作者
Author: 日月明 时间: 2024-4-17 20:56

Seyilaxa 发表于 2024-4-17 16:21
不会。使用-ignh后氢原子全部由gromacs添加，和原始结构上的氢无关。gromacs也会根据需求补全末端（默认 ...

好的，明白了！再次感谢您的指导！！

作者
Author: Liota 时间: 2024-5-14 15:33

Seyilaxa 发表于 2024-4-16 13:27
删掉一个端基氧然后把OCT改成和rtp里一样的名称。
有SPDBV的话把.pdb导入SPDBV再另存为一下也可以

如果这么修改的话，末端不就只相当于是一个羰基了吗？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-5-14 21:13

Liota 发表于 2024-5-14 15:33
如果这么修改的话，末端不就只相当于是一个羰基了吗？

gmx pdb2gmx会自动补全末端羧基的，其实这里主要的问题是原子名不正确，删不删末端氧倒确实问题不大，可能我当时疏忽了

作者
Author: Liota 时间: 2024-5-14 21:39

Seyilaxa 发表于 2024-5-14 21:13
gmx pdb2gmx会自动补全末端羧基的，其实这里主要的问题是原子名不正确，删不删末端氧倒确实问题不大，可 ...

那请问您的意思就是删除了末端的一个O，pdb2gmx也会修复成COO-嘛？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-5-14 23:41

Liota 发表于 2024-5-14 21:39
那请问您的意思就是删除了末端的一个O，pdb2gmx也会修复成COO-嘛？

是的，还可以改成别的封端基团（除了Amber力场），可以随便找个pdb试一试

作者
Author: Liota 时间: 2024-5-15 00:40

Seyilaxa 发表于 2024-5-14 23:41
是的，还可以改成别的封端基团（除了Amber力场），可以随便找个pdb试一试

好的好的，谢谢您啦，解答我的困惑啦

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