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标题: 求助：ATB显示error后产生的拓扑文件能够使用吗？ [打印本页]

作者
Author: MGRACE 时间: 2024-4-16 11:15
标题: 求助：ATB显示error后产生的拓扑文件能够使用吗？
老师们好，利用ATB生成拓扑后出现Error recorded：Unsupported bond length encountered: 1.86nm (Si11-O13). This often indicates there is an error in the submitted structure.但ATB仍然生成了itp文件只是没有生成优化后的pdb文件。利用pymol检查atb里的PDB (original geometry)没有发现上面报错的键长。我的理解是md模拟时并不会保持初始结构，而是按照拓扑文件的设置和模拟环境产生变化所以产生的拓扑文件是可以使用的，不知道这样理解对不对。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 14:49
GROMOS力场不支持Si元素
含硅体系可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件，GAFF不支持的元素可以自动用UFF的LJ参数、缺失的成键相关参数可以自动猜谐振势参数，或者基于Hessian自动计算，或者自己补充

作者
Author: MGRACE 时间: 2024-4-16 15:48

sobereva 发表于 2024-4-16 14:49
GROMOS力场不支持Si元素
含硅体系可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件，GAFF不 ...

sob老师好，其实之前用过sobtop产生拓扑但是缺少二面角参数，找了挺多文献但还是有些没找到没法补全，在ATB的力场文件中看到有si元素参数而且看到有已经提交过含si元素的分子所以才改用了ATB，目前已经基于ATB产生了两组结果如果再改回amber前两组就要重新做很麻烦。

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