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标题: 产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数？ [打印本页]

作者
Author: Wenchuan 时间: 2024-4-16 11:42
标题: 产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数？
本帖最后由 Wenchuan 于 2024-4-16 11:43 编辑

请问用Sobtop产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数？Sobtop (sobereva.com)中用了GAFF，为什么？GAFF参数的优势是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-16 14:41
GAFF很普适也很好，GAFF能用的情况下，比起UFF这种只能用来凑合的力场往往强得多。虽然对于MOF还有其它专门的力场可用

作者
Author: Wenchuan 时间: 2024-4-17 15:04

sobereva 发表于 2024-4-16 14:41
GAFF很普适也很好，GAFF能用的情况下，比起UFF这种只能用来凑合的力场往往强得多。虽然对于MOF还有其它专门 ...

请问UFF力场有键参数吗，Sobtop中用UFF原子类型建立力场时没有任何键参数。如果需要UFF力场进行对比，在哪里找MOF-5的UFF力场的键参数呢？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-4-17 15:53
AutoFF自带MOF5的结构，也可以直接生成对应的拓扑文件，力场也可以选择相应的UFF4MOF二代力场

作者
Author: Wenchuan 时间: 2024-4-17 18:13
本帖最后由 Wenchuan 于 2024-4-17 18:17 编辑

喵星大佬发表于 2024-4-17 15:53
AutoFF自带MOF5的结构，也可以直接生成对应的拓扑文件，力场也可以选择相应的UFF4MOF二代力场

请问AutoFF中UFF4MOF力场中MOF-5的键参数出自哪里，有文献参考吗，还是基于Hessian计算得到的呢?
文献DOI:10.1021/ct400952t和DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00664中似乎没有完整的键参数。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 07:15

Wenchuan 发表于 2024-4-17 15:04
请问UFF力场有键参数吗，Sobtop中用UFF原子类型建立力场时没有任何键参数。如果需要UFF力场进行对比，在 ...

sobtop没自带UFF力场参数
如果你只需要维持一个刚性MOF结构，直接用CP2K优化晶胞，然后sobtop载入其restart文件，所有成键相关参数全让sobtop自动猜就完了

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-4-18 11:48

Wenchuan 发表于 2024-4-17 18:13
请问AutoFF中UFF4MOF力场中MOF-5的键参数出自哪里，有文献参考吗，还是基于Hessian计算得到的呢?
文献DO ...

键参数用的原始UFF的经验公式。

作者
Author: Wenchuan 时间: 2024-4-19 14:55
非常感谢各位的解答

作者
Author: thor 时间: 2024-5-1 21:31

slxc920113 发表于 2024-4-18 11:48
键参数用的原始UFF的经验公式。

借楼问一下，我用AutoFF生成UIO-67的UFF4MOFⅡ，然后用gmx完全跑不了啊，也试过删除pair项没用，楼主测试比较复杂的MOF嘛。可以给个实例嘛

作者
Author: thor 时间: 2024-5-1 21:33

sobereva 发表于 2024-4-18 07:15
sobtop没自带UFF力场参数
如果你只需要维持一个刚性MOF结构，直接用CP2K优化晶胞，然后sobtop载入其rest ...

求教社长，这里说的restart就只是结构优化得到restart文件吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-5-1 22:37

thor 发表于 2024-5-1 21:31
借楼问一下，我用AutoFF生成UIO-67的UFF4MOFⅡ，然后用gmx完全跑不了啊，也试过删除pair项没用，楼主测试 ...

GAFF+UFF4MOFⅡ，GAFF力场优先，测试了一下，运行没有问题。
(, 下载次数 Times of downloads: 44)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:40

thor 发表于 2024-5-1 21:33
求教社长，这里说的restart就只是结构优化得到restart文件吗？

Multiwfn载入restart文件，然后主功能100的主功能2转成gjf，然后GaussView载入gjf，检查成键无误后，保存成mol2给sobtop

作者
Author: thor 时间: 2024-5-1 22:56

sobereva 发表于 2024-5-1 22:40
Multiwfn载入restart文件，然后主功能100的主功能2转成gjf，然后GaussView载入gjf，检查成键无误后，保存 ...

好的,谢谢社长

作者
Author: thor 时间: 2024-5-2 10:11

slxc920113 发表于 2024-5-1 22:37
GAFF+UFF4MOFⅡ，GAFF力场优先，测试了一下，运行没有问题。

为什么是这样的组合，而不是直接用UFF4MOF

作者
Author: thor 时间: 2024-5-2 21:45

slxc920113 发表于 2024-5-1 22:37
GAFF+UFF4MOFⅡ，GAFF力场优先，测试了一下，运行没有问题。

跑出来的结果看着不对，联苯这里弯折太厉害了
(, 下载次数 Times of downloads: 50)

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-5-3 00:19

thor 发表于 2024-5-2 21:45
跑出来的结果看着不对，联苯这里弯折太厉害了

库伦作用导致的，如果你用量化计算UiO66的团簇结构，并且加了色散校正的话，也会出现这种情况，苯环因为色散校正的库伦发生扭曲。这个现象我不确定是合理的还是不合理。

作者
Author: thor 时间: 2024-5-3 09:02

slxc920113 发表于 2024-5-3 00:19
库伦作用导致的，如果你用量化计算UiO66的团簇结构，并且加了色散校正的话，也会出现这种情况，苯环因为 ...

我感觉这是不合理的，IRMOF-10也有类似的BPDC结构，但是别人提供的输入文件模拟不会出现这种弯曲现象

作者
Author: thor 时间: 2024-5-8 09:53

sobereva 发表于 2024-4-16 14:41
GAFF很普适也很好，GAFF能用的情况下，比起UFF这种只能用来凑合的力场往往强得多。虽然对于MOF还有其它专门 ...

社长，问一下，如果GAFF和UFF混用，比如优先GAFF，金属用UFF，1-4相互作用系数应该用GAFF的还是UFF的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 20:14

thor 发表于 2024-5-8 09:53
社长，问一下，如果GAFF和UFF混用，比如优先GAFF，金属用UFF，1-4相互作用系数应该用GAFF的还是UFF的？

UFF没明确定义1-4作用的scale系数，用GAFF的规则就完了。本来也没有专门的GAFF和UFF原子类型之间的参数，GAFF+UFF混用时UFF原子类型通常拿来描述刚性区域，1-4作用也不是什么敏感的问题

作者
Author: thor 时间: 2024-8-25 17:56

sobereva 发表于 2024-5-8 20:14
UFF没明确定义1-4作用的scale系数，用GAFF的规则就完了。本来也没有专门的GAFF和UFF原子类型之间的参数， ...

社长问一下有没有GAFF+UFF模拟MOF的文献呢？好像很少这样做

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