计算化学公社

标题: 【已经解决】TD计算后无法生成cube文件 [打印本页]

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-17 12:24
标题: 【已经解决】TD计算后无法生成cube文件
本帖最后由 ssp2493187 于 2016-11-18 09:41 编辑

各位老师好！学生我有问题请教各位老师们，我的这个分子属于酞菁锌衍生物的双层结构，对该分子进行了TD的计算，得到了log文件和fchk文件，我和组内的导师对结果进行了TD—analy的分析，但是在计算到出现cube文件的时候就会停掉了（如图1）

。
我们之后又尝试了重新计算单点能的方式得到新的fchk文件，看是不是由于fchk文件有问题导致在进行TD分析的时候得不到cube文件，然而还是没有成功，也选择用multiwfn进行模拟但是没发现问题到底出在哪里！TD-analy软件做了测试没有问题，由于我们和导师讨论后没有解决掉，所以前来论坛请各位老师们帮忙解答一下，如何解决生成cube文件的时候自动停掉的问题？非常感谢各位老师百忙中可以看看学生的问题并给出思路和建议，谢谢！

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-17 13:04
由于fchk文件达到了900MB无法上传所以只能上传log文件，希望各位老师可以给点儿建议，非常感谢！（我导师大家都在论坛上称呼他为DFT小卒，就不写他账号了）我们没有找到合适的方法，还请高手们指点，这里拜谢各位啦！！

作者
Author: 978142355 时间: 2016-11-17 16:01

ssp2493187 发表于 2016-11-17 13:04
由于fchk文件达到了900MB无法上传所以只能上传log文件，希望各位老师可以给点儿建议，非常感谢！（我导师 ...

个人在这个方面比较外行，不过想试验一下。我想用Multiwfn试一试你这个分子的fchk文件，再产生cub文件的时候，产生多少个符合你预期的要求，看你的这个图是18个？

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-11-17 19:09
这个问题估计只能求助TD-analy开发者本人。看了log文件发现大部分激发态的振子强度f小于0.1，没有必要计算。建议只挑选f>0.1的激发态计算电子密度转移。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-17 20:38

978142355 发表于 2016-11-17 16:01
个人在这个方面比较外行，不过想试验一下。我想用Multiwfn试一试你这个分子的fchk文件，再产生cub文件的 ...

首先感谢您的回答，您的意思是multiwfn检测了一下也是没发现问题的对吗？我们一开始是怀疑fchk文件出了问题的，但是小卒（也就是我的小导）帮我试了一下这个fchk，实在是没有找到这个问题出在哪儿了，所以请论坛上各位高手，还有我们敬爱的sobereva，小卒也希望sobereva老师和各位高手指点，拜谢各位给出的各种回答和建议，谢谢，再次感谢您的回答

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-17 20:48

qczgzly 发表于 2016-11-17 19:09
这个问题估计只能求助TD-analy开发者本人。看了log文件发现大部分激发态的振子强度f小于0.1，没有必要计算 ...

感谢您的解答，有个小问题跟您请教一下，我仅仅只是算了40个激发态，我也发现我在计算的时候大部分f的值很小，增加激发态的数目会有效果吗？还有就是TD-analy就是北京科技大学我们组我们敬爱的DFT小卒yjcmwgk写的程序软件，因为我们没有找到好的解决方法，所以只好请教各位啦！谢谢您的回答，拜谢

作者
Author: 978142355 时间: 2016-11-17 20:55

ssp2493187 发表于 2016-11-17 20:38
首先感谢您的回答，您的意思是multiwfn检测了一下也是没发现问题的对吗？我们一开始是怀疑fchk文件出了问 ...

您这是太客气了。。。。。。。。小卒在论坛上贡献也是有目共睹的。我的意思是，是你用Multiwfn文件转换cube文件的时候，是不是也是出错了？

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-17 21:03

978142355 发表于 2016-11-17 20:55
您这是太客气了。。。。。。。。小卒在论坛上贡献也是有目共睹的。我的意思是，是你用Multiwfn文件转换cu ...

实话实说啊，我刚刚入手看见小卒扔进去，然后出错了，然后他说应该是fchk的问题，然后试了一下也没发现具体问题出现在什么位置，不同泛函下进行这个分析出现的问题是相同的，所以大胆猜测了一下应该不是fchk的问题，除非是巧合了，我抓紧搞清楚multiwfn然后截图给老师们！如果您还有其他建议还请指教，谢谢您啦，非常感谢！

作者
Author: 978142355 时间: 2016-11-17 22:46

ssp2493187 发表于 2016-11-17 21:03
实话实说啊，我刚刚入手看见小卒扔进去，然后出错了，然后他说应该是fchk的问题，然后试了一下也没发现具 ...

嗯，我其实只是想试一试Multiwfn运行是不是好使，但是你这个体系太大了，要产生个chk文件耗时很大。我感觉你都可以把fchk上传至百度网盘，然后大家下载，都比单纯计算快了。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-17 23:03

978142355 发表于 2016-11-17 22:46
嗯，我其实只是想试一试Multiwfn运行是不是好使，但是你这个体系太大了，要产生个chk文件耗时很大。我感 ...

好的，谢谢您的建议，我明天把fchk弄网盘里，然后请各位大神拯救，非常感谢

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-11-18 09:00

ssp2493187 发表于 2016-11-17 20:48
感谢您的解答，有个小问题跟您请教一下，我仅仅只是算了40个激发态，我也发现我在计算的时候大部分f的值 ...

1、增加激发态的计算数量对f值几乎没有任何影响，因为f属于某个激发态的内在性质，与其它激发态无关。
2、TD-analy属于“一键式”处理TD计算数据的程序，使用无比方便，然而一旦出错原因难以排查。事实上如果仅计算个别f值大的激发态，Multiwfn也是不错的选择。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-18 09:40

qczgzly 发表于 2016-11-18 09:00
1、增加激发态的计算数量对f值几乎没有任何影响，因为f属于某个激发态的内在性质，与其它激发态无关。
2 ...

嗯嗯，谢谢您的解答！非常感谢，受益匪浅

作者
Author: ssp2493187 时间: 2016-11-18 09:45
感谢论坛上各位老师们的帮助。由于该分子过大，之前死掉是由于给TD-analy的运行内存不够用，后期因为计算量巨大造成了软件停在这个位置不动，其实还在运行当中，已经由服务器得到了cube文件，非常感谢各位的指点！感谢版主sob老师在群里的解答，也感谢论坛的朋友们的帮忙！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)