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标题: 求助：关于同名残基的选择性位置限制 [打印本页]

作者
Author: Cloudince 时间: 2024-4-17 14:45
标题: 求助：关于同名残基的选择性位置限制
大家好！

在拓扑文件CSCs.itp中定义了残基名为RES的分子，这个分子有934个原子。
在结构文件CSCs.gro中，有2个RES，1RES的原子序号为1-934，2RES的原子序号为935-1868。
我想仅对2RES施加position restraint，于是使用gmx genrestr命令创建了含有935-1868号原子的porse.itp文件，但报错"Atom index (935) in position_restraints out of bounds (1-934)."
请问正确的做法应该是怎样的？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 08:47
位置限制字段里的原子序号是对于它上面的[moleculetype]而言的，显然此时只能在1-934范围内，因为[moleculetype]当前不是对两个RES而言的

作者
Author: Cloudince 时间: 2024-4-18 17:12

sobereva 发表于 2024-4-18 08:47
位置限制字段里的原子序号是对于它上面的[moleculetype]而言的，显然此时只能在1-934范围内，因为[molecule ...

谢谢Sob老师。我后来将CSCs.itp复制成两份，在其中分别定义1RES和2RES，在top文件中include CSCs1/2.itp，在后面各定义一个限制。

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