计算化学公社

标题: GROMACS中的OPLS-AA/M力场如何使用? [打印本页]

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-4-17 18:50
标题: GROMACS中的OPLS-AA/M力场如何使用?
本帖最后由艾尔斯灿于 2024-4-19 12:04 编辑

本人的老师要求我学会安装和使用OPLS-AA/M力场的GROMACS
之前只使用过GAFF力场,
我已经按照这个图片的教程安装好了OPLS-AA/M力场文件
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
求教后续使用OPLS-AA/M力场建盒子和进行动力学性质的测试的教程

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 08:30
引用北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt时不得擅自把顶端的版权信息截掉，已经把图片删除处理

此处重新贴：
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

培训里都有现成的基于OPLS力场的计算例子（“均相体系的模拟与性质的计算” 部分）

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-4-19 12:05

sobereva 发表于 2024-4-18 08:30
引用北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt时不 ...

图片已修改,请问例子可以说的更详细吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-20 07:58

艾尔斯灿发表于 2024-4-19 12:05
图片已修改,请问例子可以说的更详细吗?

哪不懂具体问。课上的例子已经极其详细了，拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-4-20 19:01

sobereva 发表于 2024-4-20 07:58
哪不懂具体问。课上的例子已经极其详细了，拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了

计算命令大全在书本中有吗?哪一页?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-21 05:10

艾尔斯灿发表于 2024-4-20 19:01
计算命令大全在书本中有吗?哪一页?

语义不明

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-4-23 12:13

sobereva 发表于 2024-4-21 05:10
语义不明

"拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了"
这些东西在哪里,我没找到

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-24 06:24

艾尔斯灿发表于 2024-4-23 12:13
"拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了"
这些东西在哪里,我没找到

培训班讲义里都有
参考“均相体系的模拟与性质的计算” 里“咖啡因在水中的模拟”的例子。如果不是培训班的学员我帮不了，没时间专门写教程

作者
Author: 艾尔斯灿 时间: 2024-5-9 15:13

sobereva 发表于 2024-4-24 06:24
培训班讲义里都有
参考“均相体系的模拟与性质的计算” 里“咖啡因在水中的模拟”的例子。如果不是培训 ...

我看过了“咖啡因在水中的模拟”的例子,但是还是不太懂怎么利亚OPLS力场来生成力场文件,里面的代码我没太懂,有没有更通俗亲民的教程,我对力场文件更换的了解实在是太低了,

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-10 07:39

艾尔斯灿发表于 2024-5-9 15:13
我看过了“咖啡因在水中的模拟”的例子,但是还是不太懂怎么利亚OPLS力场来生成力场文件,里面的代码我没太 ...

1000%在全宇宙任何地方都找不到“更亲民的教程”
讲义上每一步都讲得明明白白，所有命令和操作都给全了，所有相关的动力学、力场的理论知识和GROMACS程序的背景知识全都详细讲了，各种模拟例子用到的所有文件全都给全了，还怎么讲得更清楚？这完全等于是拿着金饭碗讨饭。好好认真从头完整学一遍，所有的答案绝对全都在超级详细的讲义里，别那么浮躁。此帖已关，有什么确切、具体的学术问题专门发帖问，而不是简简单单说什么“我不会”、“看不懂”，这样没人帮得了你。

实在不行就改行，别做动力学模拟了。

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