计算化学公社

标题: gmx如何固定fe基面在跑md时不散乱，我尝试用位置限制但跑完nvt铁面的原子都松散。 [打印本页]

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-17 20:11
标题: gmx如何固定fe基面在跑md时不散乱，我尝试用位置限制但跑完nvt铁面的原子都松散。
各位老师，同学：
我看有的论文在做某些物质在金属表面如fe（110）基面的吸附时并不会提到金属基面的固定，我自己构建了fe(110)基面，在mdp文件中使用位置限制后发生了散乱问题，尝试了重新建模也无法避免，随后尝试冻结组，但无法生成tpr文件，出现了问题且并没有给出具体警告。后续要跑npt的话冻结组也是无法使用的，所以想请教各位老师同学对于fe基面的位置固定有什么方法可以实现呢，恳求各位老师同学回答一下，万分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 08:34
用位置限制势

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 09:09

sobereva 发表于 2024-4-18 08:34
用位置限制势

老师，我就是尝试用位置限制，然后跑完nvt预平衡还是散了，位置限制文件就一个铁原子，整个面也没有其他杂原子，这种情况是要怎么处理呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 09:16

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 09:09
老师，我就是尝试用位置限制，然后跑完nvt预平衡还是散了，位置限制文件就一个铁原子，整个面也没有其他 ...

固体部分全都用位置限制势

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 10:09

sobereva 发表于 2024-4-18 09:16
固体部分全都用位置限制势

老师，不知道是不是我文件有问题，还是我限制的方式错了，itp和posre.itp里面都只写了一个铁原子，因为所有的原子是一样的，对应的限制后跑完nvt会散，整个铁面是19200个原子，这是因为itp没有把所有的原子写出来导致的吗，但是原子都是同一种一样的需要在itp里面写完整吗。我把我的文件传到附件了，gro文件有19200个铁原子由于文件太大无法上传，其他文件在附件可以麻烦老师帮我看一下嘛，非常感谢。

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-4-18 10:47

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 10:09
老师，不知道是不是我文件有问题，还是我限制的方式错了，itp和posre.itp里面都只写了一个铁原子，因为所 ...

你要先把你的19200个铁用ndx归为一组，再用genrestr把他们一起限制住

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 11:20

dzdhp 发表于 2024-4-18 10:47
你要先把你的19200个铁用ndx归为一组，再用genrestr把他们一起限制住

好的，我去试试，感谢您

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 14:33

dzdhp 发表于 2024-4-18 10:47
你要先把你的19200个铁用ndx归为一组，再用genrestr把他们一起限制住

您好，我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制，然后跑nvt发生了报错，这个错误是因为我itp里没有把所有的原子列出来吗，因为我19200个铁都是一样的，这也需要列19200个吗在itp里面的话。感谢您的解答

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-4-18 15:28

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:33
您好，我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制，然后跑nvt发生了报错，这个错误是因为我itp里没有 ...

限制有问题，发一下top和itp

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-19 05:11

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:33
您好，我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制，然后跑nvt发生了报错，这个错误是因为我itp里没有 ...

当前铁的[moleculetype]只有一个原子，显然位置限制里的原子序号只能是1

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-19 09:22

dzdhp 发表于 2024-4-18 15:28
限制有问题，发一下top和itp

itp 在附件，可以帮忙看一下嘛，感谢

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-19 09:23

sobereva 发表于 2024-4-19 05:11
当前铁的[moleculetype]只有一个原子，显然位置限制里的原子序号只能是1

好的，谢谢老师，那就是itp也要写19200个原子才能限制嘛

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-4-19 09:58

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:22
itp 在附件，可以帮忙看一下嘛，感谢

你这不还是老问题吗，说了要先index再限制，你限制的时候没带上index文件吧，所以限制完了posre里头还只是一个铁，正常归组再限制里面应该是19200铁。用命令gmx genrstr -f 结构文件.gro -n index.ndx

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-19 14:05

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:22
itp 在附件，可以帮忙看一下嘛，感谢

看起来似乎没什么问题，有观察过轨迹看看跑散是怎么发生的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-20 07:48

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:23
好的，谢谢老师，那就是itp也要写19200个原子才能限制嘛

当然位置限制只需要写1个原子，因为你当前19200个Fe共享同一个只包含一个Fe的[moleculetype]
搞清楚[position_restraint]字段是对[moleculetype]而言的

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-22 09:48

dzdhp 发表于 2024-4-19 09:58
你这不还是老问题吗，说了要先index再限制，你限制的时候没带上index文件吧，所以限制完了posre里头还只 ...

我建组后限制了fe组，但是会报错，因为我的itp里面只有1个铁原子，然后的话是不是这样就要把itp里面也要写完所有的铁原子呢，但是按道理说我itp和位置限制文件都是一个铁原子，并且所有的铁都是一样的应该没问题呀，可是就是限制不了。

然后因为铁原子太多，还没有找到能一下写入itp的方法，求教一下。

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-22 09:50

Seyilaxa 发表于 2024-4-19 14:05
看起来似乎没什么问题，有观察过轨迹看看跑散是怎么发生的吗

轨迹只要3帧，然后第二帧我看就乱了，但我的设置按道理轨迹应该有25帧的，好奇怪啊，就是找不到问题在哪

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-22 09:52

sobereva 发表于 2024-4-20 07:48
当然位置限制只需要写1个原子，因为你当前19200个Fe共享同一个只包含一个Fe的[moleculetype]
搞清楚字段 ...

老师，这样的话，我之前就是位置限制只写了一个，但是他就是一直会散，而且轨迹文件按设置应该有25帧，但现在只要3帧。就是不清楚问题到底在哪。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)