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标题: 离子液体拓扑基于离子对提取出来的单体还是单独优化的单体 [打印本页]

作者
Author: qjy111 时间: 2024-4-17 20:33
标题: 离子液体拓扑基于离子对提取出来的单体还是单独优化的单体
本帖最后由 qjy111 于 2024-4-18 08:51 编辑

想问一下，通过查看http://sobereva.com/soft/Sobtop这处时，有些许疑问，packmol产生结构文件时，用离子对整体插入。而拓扑文件用阴、阳离子分别产生，想问一下阴阳离子的拓扑文件是基于离子对提取出来结构产生，还是单独的阴阳离子优化出的结构产生。
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 08:36
引用别人的文字的时候必须给出出处，出处是：http://sobereva.com/soft/Sobtop

可以用优化后的阴-阳离子对结构插入
先插入阳离子再插入阴离子也不是一定不可以，实测模拟正常、没崩溃即可

作者
Author: qjy111 时间: 2024-4-18 08:46

sobereva 发表于 2024-4-18 08:36
引用别人的文字的时候必须给出出处，出处是：http://sobereva.com/soft/Sobtop

可以用优化后的阴-阳离子 ...

好滴好滴，谢谢sob老师，已更正。
那如果采用离子对结构插入，那拓扑文件可以用单独优化的阴离子和阳离子嘛，还是一定要采用离子对提取出来的单体

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-18 09:15

qjy111 发表于 2024-4-18 08:46
好滴好滴，谢谢sob老师，已更正。
那如果采用离子对结构插入，那拓扑文件可以用单独优化的阴离子和阳离 ...

两种做法得到的拓扑文件没有差别（原子电荷另谈），因为sobtop指认GAFF的原子类型和力场参数只看连接关系不看具体坐标

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