计算化学公社

标题: ORCA计算RESP原子电荷报错 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-18 20:38
标题: ORCA计算RESP原子电荷报错
想做一下蛋白和小分子配体的模拟，用sobtop_1.0(dev3.2)，得到itp文件之后发现小分子没有电荷，尝试用Sob老师编写的ORCA脚本（RESP2_ORCA.sh）计算小分子电荷。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 2)
在计算之前还要进行几何优化嘛。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-19 03:12
这个脚本里已经自带了几何优化步骤，博文里都明确说了
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-19 09:52

sobereva 发表于 2024-4-19 03:12
这个脚本里已经自带了几何优化步骤，博文里都明确说了
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷 ...

Sob老师，是这样的但是他显示优化不成功，就直接退出脚本了，然后打开opt.out,也只看到几何优化失败，但是不知道为什么失败
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: snljty2 时间: 2024-4-19 10:50

lxhpdx 发表于 2024-4-19 09:52
Sob老师，是这样的但是他显示优化不成功，就直接退出脚本了，然后打开opt.out,也只看到几何优化失败，但 ...

上面报错信息已经写的非常清楚了，解决方法也提供了。如果还看不明白的话，看卢老师博文《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》。

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-19 23:08

snljty2 发表于 2024-4-19 10:50
上面报错信息已经写的非常清楚了，解决方法也提供了。如果还看不明白的话，看卢老师博文《root用户在用op ...

(, 下载次数 Times of downloads: 7)
有出现了线程报错，上一个帖子我看了修改了，这个报错又是怎么回事呀

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-20 07:49

lxhpdx 发表于 2024-4-19 23:08
有出现了线程报错，上一个帖子我看了修改了，这个报错又是怎么回事呀

ORCA输入文件里设的并行线程数超过了mpirun给的核数

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-21 13:41

sobereva 发表于 2024-4-20 07:49
ORCA输入文件里设的并行线程数超过了mpirun给的核数

老师之前有个帖子说更改slurm脚本可以解决（关于ORCA在超算上运行的not enough slots available in the system问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=57847
(出处: 计算化学公社)
）但是我不知道是哪一个脚本， (, 下载次数 Times of downloads: 5)
我看网上也有加命令来忽视这个东西的但是我加了也没有用，
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: 牧生 时间: 2024-4-21 16:57
本帖最后由牧生于 2024-4-21 17:17 编辑

lxhpdx 发表于 2024-4-21 13:41
老师之前有个帖子说更改slurm脚本可以解决（关于ORCA在超算上运行的not enough slots available in the s ...

你先解决有无，先运行起来了再说。直接把并行核数改成1，绝对不会因为核数，mpirun的问题而出错。

等你意会到mpi，物理核数等意义以后，再把核数改到合适。

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-21 21:23

牧生发表于 2024-4-21 16:57
你先解决有无，先运行起来了再说。直接把并行核数改成1，绝对不会因为核数，mpirun的问题而出错。

我把nprocs改成了1，终于done了。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-24 16:53

牧生发表于 2024-4-21 16:57
你先解决有无，先运行起来了再说。直接把并行核数改成1，绝对不会因为核数，mpirun的问题而出错。

老师，下面第一张是我跑gromacs的时候，用的线程，
但是用ORCA——RESP脚本计算电荷的时候nprocs只能设置为1，别的数字运行，就报错。
这个要怎么设置让服务器算的快一些呀

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-24 20:29

lxhpdx 发表于 2024-5-24 16:53
老师，下面第一张是我跑gromacs的时候，用的线程，
但是用ORCA——RESP脚本计算电荷的时候nprocs只能设 ...

大概率因为你没装好openmpi

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-24 22:29

牧生发表于 2024-5-24 20:29
大概率因为你没装好openmpi

(, 下载次数 Times of downloads: 4)
我看都装好了呀，是因为我的gcc和gfortran版本不一样嘛

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)