计算化学公社

标题: 有GROMACS关于RMSD的问题想请教下大家 [打印本页]

作者
Author: MYSY08 时间: 2024-4-19 11:42
标题: 有GROMACS关于RMSD的问题想请教下大家
我做的是DNA适配体与有机小分子的分子动力学模拟，我从B站一位大佬那得知最小二乘法叠合DNA算小分子可以来表征结合的“稳定性”，那么是不是其RMSD能表现出来是否达到了平衡呢？但计算化学公社“谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡”一文中对于生物大分子是否达到平衡，描述是关注生物大分子部分的RMSD，但我不确定文中说的是对生物大分子自身进行分子动力学模拟，还是像我这种与有机小分子进行结合后的分子动力学模拟。所以不确定是用DNA叠合算配体，还是DNA叠合算DNA来表示模拟是否平衡？还有就是我计算了小分子，配体，复合物以及叠合DNA算小分子四次RMSD，但最后一个的波动很大，它的意义是什么？我的模拟从下图看是否平衡呢？不平衡还要跑多久呢？还有就是我的小分子是伏马毒素B1（FB1），PubChem上没有他的3D结构，原因是“不允许生成构象体，因为太灵活，太多未定义的立体中心”，所以我还怀疑FB1是柔性小分子。希望能得到解答，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-19 14:32
不要自己在标题里手写[GROMACS]这种标签，给你改了，以后注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-19 15:02
RMSD曲线是基于轨迹算的，想了解RMSD为什么显著波动，显然必须直接观看轨迹，否则光靠凭空猜谁猜得准。直接播放动画弄不明白就在VMD里多帧叠加显示。

某些小分子和生物分子在结合状态下，前者的朝向、位置本身就可能反复变化，即便体系已平衡了也会如此，不能一味地以包含配体的RMSD曲线是否平衡作为判据。生物大分子部分对骨架进行叠合并考察骨架的RMSD可以用来判断生物大分子的构象是否达到平衡。

作者
Author: MYSY08 时间: 2024-4-19 16:26

sobereva 发表于 2024-4-19 14:32
不要自己在标题里手写[GROMACS]这种标签，给你改了，以后注意！

好的，以后注意

作者
Author: MYSY08 时间: 2024-4-19 16:26

sobereva 发表于 2024-4-19 15:02
RMSD曲线是基于轨迹算的，想了解RMSD为什么显著波动，显然必须直接观看轨迹，否则光靠凭空猜谁猜得准。直接 ...

好的，谢谢大佬

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