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标题: 求助，怎样自定义sobtop生成gromacs 57A4&CHARMm36的.top文件？ [打印本页]

作者
Author: zion623 时间: 2024-4-20 00:24
标题: 求助，怎样自定义sobtop生成gromacs 57A4&CHARMm36的.top文件？
求助，怎样自定义sobtop生成gromacs 57A4&CHARMm36的.top文件？有实现过的大佬吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-20 09:05
没法自定义，好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2，而且根本不存在叫gromacs 57A4的东西

若无特殊情况，生物分子一律用AMBER力场。

作者
Author: zion623 时间: 2024-4-20 22:40
好的谢谢！受教了社长！

作者
Author: 13734436496 时间: 2024-11-27 20:00

sobereva 发表于 2024-4-20 09:05
没法自定义，好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2，而且根本不存在叫gromacs 57A4的东西

若无 ...

老师您好，我在跑油水两相模拟，我的小分子都是使用sobtop程序生成的，但现在老板需要添加壁面，使用charmm-gui网站生成的力场文件在defaults这一项中和AMBER立场参数不一样，我能否通过什么方法来将他们统一起来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 11:31

13734436496 发表于 2024-11-27 20:00
老师您好，我在跑油水两相模拟，我的小分子都是使用sobtop程序生成的，但现在老板需要添加壁面，使用char ...

我拒绝使用charmm-gui

根据拓扑文件的逻辑规则该怎么处理怎么处理。GAFF和AMBER力场的[defaults]并没有任何区别，本来两种力场就是完全兼容的

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