计算化学公社

标题: fchk如何选择特定原子间的电荷密度？ [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2014-12-14 16:12
标题: fchk如何选择特定原子间的电荷密度？
得到fchk文件后，想要看轨道电荷密度，要选中这个轨道然后update才能看到，那如果我想要看特定的两个原子间电荷密度是否有重叠，有什么办法可以快速找到这两个原子轨道的电荷密度分布吗？不用一个一个的update，很费劲，而且不一定能找到...谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-14 16:47
用gview看轨道既费时间又麻烦。
把fchk载入到Multiwfn，进主功能0，右下角一选轨道立刻就出现等值面，并且可以用方向键上下快速切换。比gview好用快速得多。
另外你看到的并不是轨道电荷密度，而是轨道波函数图形。前者是后者的平方，因此没有相位的正负。如果你就是想看前者，用Multiwfn也很容易做到。

gview里没法只看两个原子轨道间的轨道波函数图形，如果你的目的只是排除其它原子的影响，在Multiwfn里先选主界面的-3 Obtain a fragment contribution to property，输入那两个原子的编号，然后再进主功能0看轨道，所有轨道就只显示那两个原子的贡献了。

作者
Author: lei234 时间: 2014-12-14 16:55
谢谢~刚看到Multiwfn里面可以排除一些原子，刚接触Multiwfn，还在学习中~~~我主要是想用计算证明我的吸附是化学吸附，不是物理吸附，请问选择什么分析方法比较有说服力呢？我看到有用键级来判断的，但是不够形象，我想是不是可以通过电荷密度的重叠来说明它们之间有弱相互作用？

作者
Author: lei234 时间: 2014-12-14 16:55

sobereva 发表于 2014-12-14 16:47
用gview看轨道既费时间又麻烦。
把fchk载入到Multiwfn，进主功能0，右下角一选轨道立刻就出现等值面，并且 ...

谢谢~刚看到Multiwfn里面可以排除一些原子，刚接触Multiwfn，还在学习中~~~我主要是想用计算证明我的吸附是化学吸附，不是物理吸附，请问选择什么分析方法比较有说服力呢？我看到有用键级来判断的，但是不够形象，我想是不是可以通过电荷密度的重叠来说明它们之间有弱相互作用？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-14 17:31
用键级的确没有问题。也可以用ELF函数绘图考察，共价方式成键的话吸附的原子和表面原子之间一般会有ELF数值较大的区域。也可以绘制能量密度图，两原子间能量密度若为负说明有一定共价性。也可以作RDG图（http://sobereva.com/68）考察。也可以绘制轨道相互作用图，如果复合物的轨道明显地同时由两个片段的轨道相互混合而产生，也体现了化学作用，见《使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图》（http://sobereva.com/166）。另外还可以同时绘制两个片段的轨道考察重叠程度，见《分子间轨道重叠的图形显示和计算》（http://sobereva.com/163）。

作者
Author: lei234 时间: 2014-12-14 18:33

sobereva 发表于 2014-12-14 17:31
用键级的确没有问题。也可以用ELF函数绘图考察，共价方式成键的话吸附的原子和表面原子之间一般会有ELF数值 ...

太棒啦~:lol谢谢您的耐心指导

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