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标题: 在能量极小化时遇到Invalid command-line options报错，这个时候需要检查什么文件呢 [打印本页]

作者
Author: 松果seven 时间: 2024-4-21 14:26
标题: 在能量极小化时遇到Invalid command-line options报错，这个时候需要检查什么文件呢
老师们好，我在进行蛋白质与配体的能量最小化时遇到如下问题，请问应该从什么方向去检查问题呢？
Program:    gmx mdrun, version 2021.5
Source file: src/gromacs/commandline/cmdlineparser.cpp (line 275)
Function: void gmx::CommandLineParser::parse(int*, char**)

Error in user input:
Invalid command-line options
  In command-line option -v
Invalid value: 'deffnm'; supported values are: 1, 0, yes, no, true, false
  In command-line option -v
Invalid value: 'em'; supported values are: 1, 0, yes, no, true, false

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

前面的预处理阶段没有遇到报错，mdp文件都是用的sob老师之前上课用的文件包，自己操作过程中的命令行如下：
gmx editconf -f D74_syn.gro -o D74_syn_box.gro -bt dodecahedron -d 1.0
gmx solvate -cp D74_syn_box.gro -o D74_syn_SOL.gro -p topol.top
gmx grompp -f em.mdp -c D74_syn_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral
gmx grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v deffnm em

并且前两天跑的时候这一步是能够正常运行的，今天突然报错了，不知道问题出在哪里，麻烦各位老师帮忙看看

作者
Author: Dempey 时间: 2024-4-21 15:24
仔细检查你的命令，deffnm前面少了一个"-"

作者
Author: 松果seven 时间: 2024-4-21 15:53

Dempey 发表于 2024-4-21 15:24
仔细检查你的命令，deffnm前面少了一个"-"

是的，谢谢老师的帮助，已解决，确实还是没注意小细节上的问题

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