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标题: 求助：使用antechamber生成mol2出现sqm.in的报错 [打印本页]

作者
Author: xiaotangcuyuu 时间: 2024-4-21 20:21
标题: 求助：使用antechamber生成mol2出现sqm.in的报错
想问一下各位大神，根据amber教程输入了
antechamber -i bmi[url=].pdb -fi pdb -o bmi.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0[/url]

的指令，bmi.pdb文件是由gaussview生成的优化后的bmim文件
执行后出现以下报错，求助各位大佬是什么情况
参照贴是amber的教程，Simulations of a room-temperature ionic liquid (ambermd.org)
新手刚开始学习，求助各位大佬，感激万分！
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-22 06:34
mol2里成键方式如果不满足经典Lewis结构的话，可能造成antechamber没法处理。可以尝试GaussView调整成键关系重新保存mol2，或尝试用pdb文件，或者openbabel把pdb转成的mol2当输入文件

顺带一提，这种体系用gromacs模拟极为适合，明显更为灵活，速度更快，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）可以顺利创建基于GAFF的拓扑文件而不会遇到这些破事

作者
Author: xiaotangcuyuu 时间: 2024-4-23 00:47
谢谢sob大佬！已解决！（献花）

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