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标题: cp2k小脚本功能意见征集 [打印本页]

作者
Author: Priscilla 时间: 2024-4-22 10:17
标题: cp2k小脚本功能意见征集
本帖最后由 Priscilla 于 2024-4-22 10:20 编辑

前言：楼主使用cp2k处理文件经常遇到几个简单的体力劳动性的活，烦了挺久，因此想写个开放的脚本合集来解决一下这个问题，现提出自己的问题，然后征求一下大家有没别的意见，毕竟练习时长两个月半的编程练习生（还是python）楼主目前只会个数据清洗的活，如果大家已经有解决办法欢迎提出，原则是懒得重复造轮子，愿意直接发源码让我重构整合一下的也欢迎。另外也考虑过powershell和bash shell，但是这俩都没有python好写，受限本人实验组的也非计科出身，水平一般也没那么多时间，出于服务自己顺便服务大众，于是决定写个py的脚本，有啥功能要求大家都能说说，权当简单编程实践，不过写不完，计划扔在github开源掉让其他能者高手补充。
1.multiwfn目前应该是无法读取自己生成的inp文件参数，以及restart文件，次次重新输入容易漏关键设置，而重新写个generator需要的理论知识又超出本菜狗水平，决定方案是读取文件然后调用multiwfn写入参数，也没新的学习成本，当然楼主只会弄那些常用的功能，复杂的不会（菜的直白）
2.完整molden文件内容。molden文件有时巨大无比，在服务器上不方便下载与打开。人眼读取以及手打cell以及charge信息有点费力，因此想让脚本具有自动读取inp文件输入molden的功能。
以上是目前楼主的问题，欢迎补充，希望能为爱发电，不喜勿喷。

作者
Author: logzzz 时间: 2024-4-22 10:46
本帖最后由 logzzz 于 2024-4-22 19:01 编辑

有点意思。我写了简单的bash脚本，可以实现楼主你需要的功能。如果有需要的话，我可以分享给你。

#说明，1cg是做替换的，cp2kmold是用来修改molden文件的。1cg可以直接sh 1cg。cp2kmold 后面要跟.inp的前面的名字。
注：因为我不知道我哪里操作不对，插入[Nval]字段总是不好使。所以我这个脚本会修改元素后面对应的电荷数。

#同样需要multiwfn。使用脚本要正确引用multiwfn。

作者
Author: OTONASHIKANADE 时间: 2024-4-22 15:08
这个是我用来批量生成输入文件的脚本，需要配合卢天老师的multiwfn linux版本才能批量生成，molden只要有python即可使用。会对脚本所在文件夹下所有的符合要求的文件运行命令，结果保存在output里

作者
Author: Priscilla 时间: 2024-4-22 15:51

logzzz 发表于 2024-4-22 10:46
有点意思。我写了简单的bash脚本，可以实现楼主你需要的功能。如果有需要的话，我可以分享给你。

可以发楼里

作者
Author: Priscilla 时间: 2024-4-22 15:52

OTONASHIKANADE 发表于 2024-4-22 15:08
这个是我用来批量生成输入文件的脚本，需要配合卢天老师的multiwfn linux版本才能批量生成，molden只要有py ...

感谢大佬

作者
Author: 轻舟~ 时间: 2025-3-7 22:53
佬能不呢写一个cp2k输出文件（.out文件）转Gaussian的输出文件（.log文件）的脚本啊

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