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标题: 对于使用hbond检测氯离子第一水合层的水和周围水的氢键作用的问题 [打印本页]

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-4-22 14:10
标题: 对于使用hbond检测氯离子第一水合层的水和周围水的氢键作用的问题
想请教一下各位老师，我的是盐水体系，水中只加入了氯离子和钠离子，我想检测氯离子第一水合层的水和周围水的氢键作用，我应该怎样才能知道第一水合层的是哪些原子，应该如何指引索引组。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-23 09:12
靠gmx hbond难以实现
最好自己写VMD分析脚本。先根据rdf的极小点判断距离氯离子半径多少以内的水可以作为第一水合层，然后恰当借助VMD的within选择语句选择氯离子的第一配位层的水
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-4-23 17:42

sobereva 发表于 2024-4-23 09:12
靠gmx hbond难以实现
最好自己写VMD分析脚本。先根据rdf的极小点判断距离氯离子半径多少以内的水可以作为 ...

收到，感谢sob老师

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