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标题: 求助:蛋白质模拟过程中跳出盒子 [打印本页]

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Author: MGRACE 时间: 2024-4-22 21:00
标题: 求助:蛋白质模拟过程中跳出盒子
本帖最后由 MGRACE 于 2024-4-23 10:35 编辑

模拟体系中含有聚合物，蛋白质，水和离子，用VMD观看轨迹发现有一帧蛋白突然跳出了盒子，后面也一直处在外面。用了-center，-pbc mol等命令后观看轨迹还是跳出来。想问下老师们如何处理轨迹才能让蛋白始终处于盒子内呢?

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Author: sobereva 时间: 2024-4-23 08:50
突然跳出的前后那两帧截图都给出来，以及初始帧的截图也给出来

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Author: MGRACE 时间: 2024-4-23 10:36

sobereva 发表于 2024-4-23 08:50
突然跳出的前后那两帧截图都给出来，以及初始帧的截图也给出来

老师好，跳出前后和初始帧的图片放在一楼了

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Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-23 12:27
用-center时把蛋白放在盒子中间

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Author: sobereva 时间: 2024-4-24 06:18
要么-pbc res或-pbc atom，使得残基或原子始终在盒子里，要么-center并且选protein使得蛋白质始终在盒子中央

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