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标题: GROMACS能量最小化时遇见最大距离超过截断距离的问题 [打印本页]

作者
Author: Piperdinium 时间: 2024-4-22 21:12
标题: GROMACS能量最小化时遇见最大距离超过截断距离的问题
本帖最后由 Piperdinium 于 2024-4-23 09:50 编辑

体系是在水盒子里放置两层纳米片，但是在模拟中遇到如下错误，想请教各位老师是什么原因导致的。

已经尝试sob老师之前说的加上periodic-molecules = yes，仍不能解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-23 08:27
被include的拓扑文件都不给，别人无从检查
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的逻辑，由简到繁，先确保纳米片本身能正常模拟，再说复合体系。并且根据gromacs提示的原子序号进行检查。并且弄清楚在sobtop产生拓扑文件时周期性考虑得是否正确，别比如产生itp的时候某方向当成了周期性并判断出了跨盒子的键，结果实际模拟体系中那个方向却不是周期性的。

作者
Author: Piperdinium 时间: 2024-4-23 09:51

sobereva 发表于 2024-4-23 08:27
被include的拓扑文件都不给，别人无从检查
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的逻辑，由简到繁 ...

sob老师不好意思，我补上了.itp文件，麻烦老师帮我看看是什么问题，我也按照您的建议自己也检查检查看。

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