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标题: PMF计算把一个小分子从空气拉到水盒子中相关的问题 [打印本页]

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Author: weiweiwei1212 时间: 2024-4-22 21:37
标题: PMF计算把一个小分子从空气拉到水盒子中相关的问题
各位老师好，想请教几个问题：
我把一个小分子从空气拉到水盒子中，想考察这个过程的自由能变化，使用伞形采样的方法进行计算，41个窗口，间隔0.1nm，因为有真空，所以设置了nvt体系，成品模拟了10ns，对得到的结果进行了wham分析，
（1）但是这个曲线不是很平滑，想请教一下影响PMF曲线平滑的因素除了窗口的数量还有什么？
（2）另外在大于3Å的区域（小分子在真空中）曲线震荡的很剧烈，这个是什么原因？我增加了该部分的窗口计算，结果还是很震荡。

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