计算化学公社

标题: 求助：分子模拟脂多糖和小分子体系，整合轨迹时周期性边界条件处理不好 [打印本页]

作者
Author: 云无心以出岫 时间: 2024-4-22 22:06
标题: 求助：分子模拟脂多糖和小分子体系，整合轨迹时周期性边界条件处理不好
本帖最后由云无心以出岫于 2024-4-22 23:45 编辑

大家好，向大家求助一个关于分子模拟的问题，我的体系是一个脂多糖分子和8个小分子，利用amber跑的，在整合轨迹时，去除pdc时候，还是有的小分子跑到了盒子外面，想在观察时使小分子和脂多糖在一起，整合轨迹用的VMD代码：pbc wrap -compound fragment -center com -centersel "all not water" -all

得到的结果是这样的（小分子应该是结合在复合物上的，但是从vmd中看，小分子跑出盒子了）

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

另外，pbc wrap -compound resid/residue/segid/seg/res也都试了一下，但都存在问题

不知道怎么进行修改pdc-wrap这个指令，求助大家

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)