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标题: 求助：如何计算含锰金属酶与小分子的相互作用？ [打印本页]

作者
Author: bht 时间: 2024-4-23 11:21
标题: 求助：如何计算含锰金属酶与小分子的相互作用？
本帖最后由 bht 于 2024-4-23 11:30 编辑

为了计算含有锰离子的金属酶与小分子互作，我使用gromcas_2018.8版本进行动力学模拟，首先存在的问题是，力场中不含有Mn离子，因此，通过文献查阅，我找到Mn的力场参数，来自文献[size=10.2573pt]J Chem Theory Comput. 2020 July 14; 16(7): 4429–4442. doi:10.1021/acs.jctc.0c00194，最终Mn的力场参数为[size=13.3333px] MN 25 54.938 0.0000 A 2.38583E-01 3.34375E-02。选择的力场为Amber99sb-ildn。因为Mn和小分子形成了配位键，但是力场不能识别，导致Mn位置偏移很大，所以我使用freeze将小分子和Mn固定住，然后进行真空，溶剂中能力最小化，但是因为使用了freeze就不能用npt，所以我在nvt条件下进行了模拟。首先是运行速度极慢，一共710氨基酸，加溶剂不到10万原子，但是64 核cpu，两条只跑了12ns。
[size=13.3333px] 然后用rerun进行了能量计算，使用的是cut-off方法。但是计算出来的蛋白与Mn，蛋白与MN_小分子组，蛋白与小分子的相互作用如下，请问这个数据是不是不正常？应该如何计算呢？Protein-P3P_MN是小分子P3P与Mn离子作为一个组计算蛋白对他们的总作用，Protein-P3P是计算蛋白对小分子的作用。[size=13.3333px]
[attach]89440[/attach][size=13.3333px]

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-24 07:35
发完帖子后检查帖子，不要残留未解析的标签，发现后及时删掉，免得给别人阅读造成严重不便

把freeze改成位置限制就能做NPT

当前没给出具体结构，别人也无从得知蛋白质和小分子结构、接触方式等信息，没法准确回答结果是否合理。如果蛋白质和Mn之间有直接的配位作用，那么这种基于力场给出的相互作用能没有意义，需要量子化学方法计算，可参考下文构造簇模型来考察。
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

作者
Author: bht 时间: 2024-4-24 22:19
好的好的，非常感谢社长回复。

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