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标题: 如何利用gmx计算出不同类别的水分子与离子的相互作用 [打印本页]

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-4-23 11:23
标题: 如何利用gmx计算出不同类别的水分子与离子的相互作用
各位老师，这是我在一篇文献里看到的，研究的是在不同电场强度下，离子与溶剂层中不同类别的水分子(第一溶剂化层中的水分子、第二溶剂化层中的水分子、距离离子1 nm以内的水分子、其余的水分子)的相互作用。文献里说是使用gmx获得的，请问用gmx如何获得？我知道在gmx中可以定义能量组后使用gmx energy命令获得能量组之间的相互作用，但是这种不同溶剂化层中的水分子如何在能量组中定义呢？谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-24 07:29
gmx select命令可以根据选择语句产生含有特定部分原子的索引文件，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt:

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

gromacs的选择语句和VMD有很大类似之处，也可以用within这样的表示，以此选择特定距离内的水。培训班里“均相体系的模拟与性质的计算” 部分末尾对gromacs的选择语句有系统的介绍，gromacs手册里也能看到一些说明。

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-4-24 08:32

sobereva 发表于 2024-4-24 07:29
gmx select命令可以根据选择语句产生含有特定部分原子的索引文件，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班 ...

谢谢sob老师的解答！

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