标题: 使用CP2K跑动力学，分子乱飞现象，输入文件是否合理？ [打印本页] 作者Author: 护卫天使 时间: 2024-4-23 15:18 标题: 使用CP2K跑动力学，分子乱飞现象，输入文件是否合理？ 老师们好，我想参考图一中文献的方法，探究有机配体与Y在水溶液中的结合情况。
1.初始结构是在packmol中构建，在12.42埃的立方盒子加入64个水分子、一个配体和稀土Y离子，并cp2k中使用半经验方法进行了简单预优化。
2、进一步使用Multiwfn输出CP2K的输入文件，使用XYZ周期性条件，NVT系综，PBE和DZVP-MOLOPT-SR-GTH方法，但出现了一长串警告并难以计算下去： *** WARNING in qs_sccs.F:487 :: The system (solute) has a non-negligible ****** charge of -14548938224134197529107356360187202114952791851008.000000. ****** It is recommended to use non-periodic boundary conditions (PERIODIC ****** none) combined with an appropriate Poisson solver (POISSON_SOLVER MT ****** or analytic) ，计算文件见1.inp和1.out。
3.后面我取消了边界条件，能计算下去，但是分子乱飞，如图2，计算文件见2.inp和2.out。