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标题: 求教羧基周围水分子的径向分布函数绘制方法 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-4-23 21:58
标题: 求教羧基周围水分子的径向分布函数绘制方法
体系介绍：表面活性剂分子吸附在油水界面，表活剂分子中带有-COOH，目的是计算羧基周围水分子分布的径向分布函数
我采取的步骤：
1、创建-COOH索引gmx make_ndx -f xx.gro -o xx.ndx,选择a O5 O6 H30 C37
2、计算RDF，gmx rdf -f traj_comp.xtc -s npt.tpr -ref "group 6" -sel "resname water" -pbc -o h2o.xvg -n cooh.ndx
最终得到的图如下
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

模型相同，文献里别人的图如下
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
求助我的方法哪里有问题，如何打到我的目的获得文献里这样的图？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-24 07:02
先试试只考虑一个COOH得到的rdf是什么情况，别一次把所有表面活性剂的COOH都纳入进去。而且从文献的示意图看，参考组取的是羧基碳，而不是所有羧基原子

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2024-4-24 19:30
你的这个图看起来是对rdf进行了积分啊。

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2024-4-24 19:32
而且你这个积分出来的两个平台，看起来是跟你参考文献的图的两个峰的位置比较吻合。

作者
Author: zyp1999 时间: 2024-6-17 14:04

喝杯热水发表于 2024-4-24 19:32
而且你这个积分出来的两个平台，看起来是跟你参考文献的图的两个峰的位置比较吻合。

你好，我算rdf也算出来跟楼主类似的图，所以也是进行了积分吗，怎么样才能不积分，得到上面参考文献那种图呢？

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