计算化学公社

标题: 蛋白双配体限制性动力学模拟bonds that rotated more than 30 degrees报错 [打印本页]

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-4-24 16:10
标题: 蛋白双配体限制性动力学模拟bonds that rotated more than 30 degrees报错
做限制性动力学时，显示键旋转的角度过大，然后报错，终止运算。
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检查了一下step3446pdb发现，第一个配体谷氨酸的几个原子已经飞了出去
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看了一下之前的能量极小化之后输出的em.gro,发现是没什么问题的
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能量极小化过程也十分顺利，
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下面是跑模拟的各种文件
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pr.mdp是限制性动力学参数文件，DabAdeleteH.top是主拓扑文件，glu和gpp是两个配体。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-25 06:10
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8自行排查

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-1 20:19

sobereva 发表于 2024-4-25 06:10
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8自行排查

sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体，模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白，成功
然后模拟真空中的glu配体，模拟失败
失败时显示以下报错
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应该确定就是glu结构或者是top文件的问题
但是我没有发现到底哪里出了问题，还请老师指点
以下是真空下模拟glu配体的文件
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作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-1 20:29

lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:19
sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体，模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白，成功
然后模拟真 ...

sob老师，我在使用服务器计算时，安装Multiwfn——noGUI版本，调用noGUI安装包下中的RESP2_ORCA.sh时，显示找不到Multiwfn
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但是我已经安装好了noGUI

(, 下载次数 Times of downloads: 23)
老师这个怎么解决，要修改noGUI的路径嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:36

lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:29
sob老师，我在使用服务器计算时，安装Multiwfn——noGUI版本，调用noGUI安装包下中的RESP2_ORCA.sh时，显 ...

显然把脚本里的Multiwfn改成Multiwfn_noGUI

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:48

lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:19
sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体，模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白，成功
然后模拟真 ...

检查方式之前我提到的链接里该说的都说了，我没时间仔细检查和测试

作者
Author: lxhpdx 时间: 2024-5-2 16:28

sobereva 发表于 2024-5-1 22:48
检查方式之前我提到的链接里该说的都说了，我没时间仔细检查和测试

感谢sob老师的回答

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