计算化学公社

标题: 请教如何使用dimer算法计算过渡态 [打印本页]
作者
Author: winterzen    时间: 2016-11-21 15:33
标题: 请教如何使用dimer算法计算过渡态
我在学习使用CP2K中的dimer计算过渡态，进行了一些试算，但总出现下列错误：
  1. *******************************************************************************
  2. *   ___                                                                       *
  3. *  /   \                                                                      *
  4. * [ABORT]                                                                     *
  5. *  \___/                 BFGS method not yet working with DIMER               *
  6. *    |                                                                        *
  7. *  O/|                                                                        *
  8. * /| |                                                                        *
  9. * / \                                             motion/bfgs_optimizer.F:147 *
  10. *******************************************************************************


  13. ===== Routine Calling Stack =====

  15.             8 geoopt_bfgs
  16.             7 cp_rot_opt
  17.             6 cp_eval_at_ts
  18.             5 cp_eval_at
  19.             4 cp_cg_main
  20.             3 geoopt_cg
  21.             2 cp_geo_opt
  22.             1 CP2K
复制代码
我已经将优化算法改成了CG，不知道为什么还是出现BFGS的错误，请教大家该如何正确使用dimer？
我的CP2K版本为4.1版，输入文件如下：
  1. &GLOBAL
  2.   PROJECT dimer_test
  3.   RUN_TYPE GEO_OPT
  4.   PRINT_LEVEL MEDIUM
  5. &END GLOBAL

  7. &FORCE_EVAL
  8.   METHOD Quickstep
  9.   &DFT
  10.     BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
  11.     POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL

  13.     &POISSON
  14.       PERIODIC XYZ
  15.     &END POISSON
  16.     &SCF
  17.       SCF_GUESS ATOMIC
  18.       EPS_SCF 1.0E-5
  19.       MAX_SCF 200
  20.     &END SCF
  21.     &XC
  22.       &XC_FUNCTIONAL PBE
  23.       &END XC_FUNCTIONAL
  24.     &END XC
  25.   &END DFT

  27.   &SUBSYS
  28.     &CELL
  29.       ABC 10. 10. 10.
  30.       PERIODIC XYZ
  31.     &END CELL
  32.     &TOPOLOGY
  33.       &CENTER_COORDINATES
  34.       &END
  35.       COORD_FILE_FORMAT xyz
  36.       COORD_FILE_NAME  ./ts_guess.xyz
  37.     &END
  38.     &KIND H
  39.       ELEMENT H
  40.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH
  41.       POTENTIAL GTH-PBE-q1
  42.     &END KIND
  43.     &KIND C
  44.       ELEMENT C
  45.       BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH
  46.       POTENTIAL GTH-PBE-q4
  47.     &END KIND
  48.   &END SUBSYS
  49. &END FORCE_EVAL

  51. &MOTION
  52.   &GEO_OPT
  53.     OPTIMIZER CG
  54.     TYPE TRANSITION_STATE
  55.   &END GEO_OPT
  56. &END MOTION
复制代码


作者
Author: winterzen    时间: 2016-11-21 20:02
终于找到出错的原因了，原来还需要把dimer旋转的优化算法改成CG，另外CG的line search类型还要改成基于两点外推方式。完整的MOTION部分如下：
  1. &MOTION
  2.   &GEO_OPT
  3.     OPTIMIZER CG
  4.     &CG
  5.       &LINE_SEARCH
  6.         TYPE 2PNT    ! 基于两点外推
  7.       &END LINE_SEARCH
  8.     &END CG
  9.     TYPE TRANSITION_STATE
  10.     &TRANSITION_STATE
  11.       &DIMER
  12.         &ROT_OPT    ! dimer旋转的优化设置
  13.           OPTIMIZER CG
  14.           &CG
  15.             &LINE_SEARCH
  16.               TYPE 2PNT
  17.             &END LINE_SEARCH
  18.           &END CG
  19.         &END ROT_OPT
  20.       &END DIMER
  21.     &END
  22.   &END GEO_OPT
  23. &END MOTION
复制代码

这参数隐藏的太深了 。其他还有不少可调参数，需要仔细看一下dimer原始文献（J. Chem. Phys. 111, 7010 (1999); http://dx.doi.org/10.1063/1.480097）。看来用cp2k确实需要对原理有比较好的理解。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3