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标题: 文献中的自由基-分子反应的势能图中初态能量如何获得？ [打印本页]

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Author: 胆小鬼 时间: 2024-4-24 16:41
标题: 文献中的自由基-分子反应的势能图中初态能量如何获得？
最近读一些有关自由基-分子反应的文章，其中的势能图让我感觉有些疑惑，因为自由基和分子反应的第一步的分子摆法看起来是随意的，但是我这种想法应该是不合理的。所以我想问一下大家文献中他们的反应势能图第一步的摆法或者能量是如何获得的。比如这两篇文章10.1039/D3CP02379F和10.1002/1439-7641中的两幅势能图里的自由基-分子初态。

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Author: wzkchem5 时间: 2024-4-24 16:59
通过构象/构型搜索确定正确摆法，参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

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Author: 胆小鬼 时间: 2024-4-24 17:27

wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:59
通过构象/构型搜索确定正确摆法，参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

您好，我之前采用高斯对一个自由基和一个分子体系进行结构优化，其结果如图1的PR51-MIN39，自由基与分子之间结合了，于是我将初态稍作修改，但是优化后我仍然得不到例如PR51的结果，程序会继续将我的初猜进行优化，由于自由基本身的性质，他和分子结合看起来是大概率的，但我其实是想得到如图PR51的结构，也就是其未反应的，您给我链接里的方法我感觉回会和高斯的结果类似。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-4-24 17:33

胆小鬼发表于 2024-4-24 10:27
您好，我之前采用高斯对一个自由基和一个分子体系进行结构优化，其结果如图1的PR51-MIN39，自由基与分子 ...

文献SI应该会给PR51的原子坐标。如果文献没给，可以给作者发邮件要原子坐标；如果文献给的原子坐标在结构优化时会直接成键，而且你确定你的计算收敛到了正确的波函数，理论级别也和文献严格统一，那么说明文献可能做错了，应该跟作者发邮件反映问题

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