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标题: 新手求助为什么我结构优化后的结构显然不对，分子上被拆了个CO2下来 [打印本页]

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Author: SJC0031 时间: 2024-4-24 17:07
标题: 新手求助为什么我结构优化后的结构显然不对，分子上被拆了个CO2下来

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# opt=loose freq b3lyp/6-31g

0 1

C -8.45321700 -6.01189800 -0.91574000

C -7.46981600 -6.15428300 -1.81703600

C -7.00566800 -5.07736400 -2.46859300

C -7.52523100 -3.86550800 -2.21820800

C -8.51209500 -3.70908500 -1.31725500

C -8.96767900 -4.79689200 -0.67027600

C -9.09595300 -2.34135900 -1.03090300

C -8.46912700 -1.71546000 0.22825600

C -9.12094900 -0.35546000 0.54657300

N -7.00959400 -1.60454800 0.09672000

O -9.97585800 -0.21357900 1.39532100

O -8.63646300 0.67518100 -0.21758400

Zn -6.80117100 0.24506000 -0.41161800

O -5.98973700 0.60284900 -2.08647700

C -4.78372000 1.17303300 -1.76462900

O -3.78548100 1.05551600 -2.44398900

C -4.81819700 1.99715700 -0.46231000

N -5.55062100 1.30426400 0.60635900

C -5.40847500 3.39802400 -0.70657800

C -5.58018200 4.14441600 0.59947200

C -6.77724500 4.20050600 1.21131200

C -6.92630100 4.85120800 2.37544700

C -5.87395800 5.45807300 2.94457800

C -4.67497500 5.40898400 2.34479100

C -4.53279500 4.75519900 1.18142000

H -8.83742400 -6.89354200 -0.37577400

H -7.04413700 -7.15109800 -2.02005400

H -6.19563800 -5.18843700 -3.20886400

H -7.12945300 -2.98993100 -2.75925800

H -9.77352100 -4.69379800 0.07529200

H -8.95062200 -1.66948400 -1.90819200

H -10.19978000 -2.43079000 -0.89696300

H -8.66749000 -2.38667600 1.09971100

H -6.52678300 -1.80156100 0.98941000

H -3.76263700 2.11377200 -0.11179800

H -6.02460500 1.97061300 1.23906600

H -4.74495500 3.97753600 -1.39047600

H -6.38882500 3.31833300 -1.23062600

H -7.65206400 3.70258100 0.76081700

H -7.91348500 4.88544000 2.86615800

H -5.99334600 5.99245000 3.90179000

H -3.80577400 5.90354700 2.80990900

H -3.54075400 4.71743900 0.70162900

这个是输入文件的代码。优化39步后结构显然不对（分子上被拆了个CO2下来）想问一下老师们，问题出在哪里了？

刚入门的小白，还请各位老师大佬们海涵。

作者
Author: sai77 时间: 2024-4-24 17:34
本帖最后由 sai77 于 2024-4-24 17:36 编辑

基组不带极化函数的结果没法用
金属价态不对，Zn怎么可能成+4价？要么氨基上再加H，要么体系电荷为-2

作者
Author: SJC0031 时间: 2024-4-24 23:12

sai77 发表于 2024-4-24 17:34
基组不带极化函数的结果没法用
金属价态不对，Zn怎么可能成+4价？要么氨基上再加H，要么体系电荷为-2

谢谢您的回复。我这个模型是两个苯丙氨酸中间络合一个锌离子，氨基酸的氨基和羧基与锌离子形成配位键。我这就按您给的建议试一下！

作者
Author: imasen 时间: 2024-4-25 15:24
你的氨基结构是错误的，-NH2被你画成-NH了。另外你确定在你实验的pH下氨基和羧基都是去质子化的么？水溶液中pH~9.3以上才会出现这种质子配置。

作者
Author: SJC0031 时间: 2024-5-5 10:43

imasen 发表于 2024-4-25 15:24
你的氨基结构是错误的，-NH2被你画成-NH了。另外你确定在你实验的pH下氨基和羧基都是去质子化的么？水溶液 ...

谢谢您的回答。我改正一下！另外，实验是强碱性环境，ph大概在10左右。

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